Hayden Christensen nació el 19 de abril de 1981 en Vancouver, Columbia Británica, Canadá. Sus padres, Alie y David Christensen, están en el negocio de las comunicaciones. Él es de ascendencia danesa (padre) y sueco e italiano (madre). Hayden creció en Markham, Ontario, con los hermanos Kaylen, Hejsa y Tove. Hayden se propuso convertirse en actor cuando un encuentro casual a la edad de ocho años lo colocó en su primer comercial, para Pringles. Cuando tenía trece años, tuvo papeles protagónicos en varias series dramáticas de televisión.

Su mayor descanso fue una parte importante en Tierras altas (2000) de Fox Family Network. En la serie, Hayden mostró su talento para actuar como un adolescente que fue abusado sexualmente por su madrastra y recurre a las drogas con desesperación. Más tarde, apareció en la película de televisión La caída (2000), donde coprotagonizó con su amigo Jonathan Jackson. Hayden también tuvo un papel en la película Las vírgenes suicidas (1999).

El 12 de mayo de 2000, se anunció que Christensen interpretaría a Anakin Skywalker en las precuelas Star Wars: Episodio II - El ataque de los clones (2002) y Star Wars: Episodio III - La venganza de los Sith (2005). La estrella fue elegida por el director George Lucas porque sintió que Hayden tenía talento y buena química con la actriz Natalie Portman. Lucas sorprendió al mundo del cine al elegir al actor entonces desconocido después de haber rechazado nombres tan importantes como Leonardo DiCaprio y Jonathan Jackson, así como otros 400 candidatos.

Su papel como el problemático e incomprendido adolescente Sam Monroe en La casa de mi vida (2001) de Irwin Winkler le valió el premio "Mejor actuación del año" de la National Board of Review. La película también lo colocó como nominado al 'Mejor actor de reparto' en los premios Golden Globe y Screen Actors Guild Awards. Luego, Hayden protagonizó El precio de la verdad (2003), citado por algunos de los verdaderos colegas de Stephen Glass como una representación espeluznante y extraña.

Desde sus días de Star Wars, Hayden ha encabezado varias películas de acción, incluidas Jumper (2008) y Ladrones (2010).

Cuando no está trabajando, le gusta pasar tiempo de calidad con su familia (como el hermano mayor Tove), salir con sus amigos y explorar otros pasatiempos como el blues, el jazz y el piano.

Hayden tuvo una relación con la actriz Rachel Bilson de 2007 a 2017. Los dos tienen un hijo, nacido en 2014.