Comando Kill se passa num futuro próximo onde a sociedade coloca o homem para combater suas próprias máquinas assassinas. Contra esse pano de fundo, existe uma unidade de elite do exército que é deixada por um helicóptero remoto, num centro de treinamento isolado. O que começa como um exercício de treinamento simples para o Capitão Bukes e sua unidade, se torna numa batalha terrível contra a morte, conforme os fuzileiros navais descobrem que a ilha é invadida por um inimigo que transcende o conceito humano do mal.