Un avion parti de Sydney et faisant route vers Los Angeles vient de se crasher sur la plage d'une île tropicale, tuant la plupart des passagers mais laissant de nombreux survivants (Jack plus tard en comptera 48). L'un d’eux, Jack, médecin, commence à aider les autres, puis se fait aider à son tour. La nuit arrive sans aucun signe des secours. Jack et Kate (la femme qui l’a aidé) font connaissance. Des bruits mystérieux secouent la forêt la nuit. Jack a un flashback des dernières minutes avant le crash. Le lendemain, Jack, Kate et Charlie, bassiste de Drive Shaft, partent en reconnaissance vers l'avant de l'avion, tombé dans la jungle. Ils y trouvent le pilote qui leur dit que l'avion était hors course et sans radio lorsqu’il s’est crashé : les secours ne les trouveront pas. Ils récupèrent le transpondeur, mais un bruit effrayant se manifeste à l'extérieur.

3e jour. Walt, 10 ans, qui a survécu avec son père, Michael, trouve une paire de menottes en cherchant son chien : preuve qu’il y avait un prisonnier à bord. Sayid, un vétéran de la guerre du Golfe, officier de communication côté irakien, essaie de faire marcher le transpondeur. Un groupe de six part sur les hauteurs pour capter un signal sur le transpondeur. Ils sont attaqués par un ours polaire. Un du groupe, Sawyer, le tue avec un pistolet qu’il dit avoir pris sur le corps du Marshal ; le reste du groupe le suspecte d'être le prisonnier et le désarme. Kate a un flashback : c’est elle la prisonnière. Sur la plage, Jack essaie de sauver un homme blessé grièvement et inconscient depuis le début : c’est le Marshal. Le groupe sur les hauteurs reçoit un signal sur le transpondeur, mais ne peut pas émettre car quelqu'un d’autre émet sur la fréquence. C’est un SOS en boucle d’une femme, émis depuis 16 ans.

Jack découvre que c’est Kate la prisonnière. Le 4e jour, le groupe sur les hauteurs rejoint la plage après la nuit mais garde le secret sur le SOS ; et ils ont confié l’arme à Kate. Les survivants commencent à s’organiser en vue d’un long séjour. Le marshal est toujours en condition critique, Kate vient le voir et il l’attaque. Le soir, tous sont convaincus que le marshal ne survivra pas. Sawyer tente de le tuer pour abréger ses souffrances mais il lui perfore un poumon ; le marshal survit. Le 5e jour, John trouve Vincent, le chien de Walt. Résumé du flashback Alors que Kate est recherchée par la police, elle habite pendant trois mois chez un vieux fermier en Australie. Celui-ci la dénonce lorsqu'il apprend sa véritable identité et qu'une prime est donnée pour sa capture.

Dans la nuit, le camp est secoué par des sangliers sauvages qui dévoraient les cadavres dans la carlingue. Les survivants décident de brûler les corps le lendemain. 6e jour. Sayid veut trianguler le SOS pour en trouver la source. Pour cela, il faut disperser des récepteurs dans l'île. John organise la chasse au sanglier. La chasse tourne mal, Michael est blessé et Kate casse un récepteur. L'incinération des corps est l'occasion d'une cérémonie en souvenir des personnes décédées.

Le 7e jour, Joanna se noie le matin, les survivants ne sont plus que 46. Jack a des visions d’un homme qui s’avère être une hallucination de son père. Ils sont à cours d’eau, et quelqu'un vole les quelques bouteilles restantes. Jack poursuit l’hallucination dans la jungle et John part à la recherche d'eau. Jack trouve le cercueil vide dans lequel était son père juste à côté de grottes et d'une source d'eau. Résumé du flashback À la demande de sa mère, Jack part chercher son père en Australie. Il le retrouve cependant mort et ramène son corps avec lui en avion.

Le 8e jour, Jin, le mari de Sun attaque Michael sans raison apparente. Jack, Kate, Locke et Charlie partent chercher de l'eau près des grottes où Jack en a trouvé dans l'épisode précédent ; ils se font attaquer par des guêpes, et découvrent là les corps d'un homme et d'une femme qui reposent depuis, selon Jack, 40 ou 50 ans. Jack propose de déménager le camp vers les grottes, mais Sayid et d’autres s’y opposent car ils sont plus visibles sur la plage. On découvre que Sun parle anglais, mais qu'elle le cache de son mari ; on apprend pourquoi Jin a attaqué Michael. Résumé du flashback Après son mariage avec Sun, Jin travaille pour le père de Sun qui est un parrain de la mafia coréenne et rentre un soir avec du sang sur les mains. Après avoir appris l'anglais, Sun souhaite fuir pour quitter son mari mais elle y renonce au dernier moment.

Le 8e jour, quelques survivants se sont installés près des grottes. John arrive à faire un piège à sanglier. Sayid et Kate vont installer des récepteurs pour la triangulation. Une section des grottes s’effondre sur Jack et des survivants de la plage viennent aider à le dégager. Ils dégagent un passage étroit ; Charlie y part aider Jack et la grotte s’effondre encore, refermant le passage. Sur les hauteurs, Sayid capte un signal, mais se fait attaquer par un inconnu. Résumé du flashback Charlie ne souhaite plus faire partie du groupe Drive Shaft mais son frère Liam le convainc finalement de rester. Quelques années après, Charlie va chez son frère en Australie pour lui demander de reformer le groupe mais celui-ci refuse.

Le 9e jour, Sayid ne sait pas qui l'a attaqué. Le frère de Shannon, Boone, fouille dans les affaires de Sawyer alors ce dernier lui casse la figure. Boone y cherchait les médicaments de sa sœur, asthmatique, et il suspecte Sawyer car ce dernier a son livre. Sawyer refuse de rendre les inhalateurs alors que Shannon a des crises, et il se bagarre avec Jack. Sayid se porte volontaire pour torturer Sawyer (il en a l’expérience depuis l'Irak). Sun parvient à soigner Shannon grâce à des plantes. Le soir, Charlie convainc Claire de se transférer du camp de la plage vers les grottes et Sayid décide de quitter la plage. Résumé du flashback Sawyer a dans l'intention d'escroquer un couple mais change d'avis au dernier moment lorsqu'il voit leur fils.

Le 11e jour, Sayid est parti après les événements avec Sawyer, et il trouve un câble sur la plage qu’il remonte, jusqu'à se faire prendre dans un piège. La 11e nuit, Sayid se fait capturer par la femme du message. Le 12e jour, on apprend qu'elle s’appelle Danielle Rousseau, et vit dans un abri alimenté en électricité et cherche Alex. Hurley met en place un terrain de golf. Sayid, toujours prisonnier, commence à gagner la confiance de Danielle. Elle faisait partie d’une expédition scientifique qui fit naufrage sur l'île, et raconte qu’après deux mois de survie sur l'île, des « Autres » ont provoqué leur mort par maladie au point qu'à la fin elle dut tuer elle-même les derniers. Sa fille Alex a été enlevée par les autres. Le terrain de golf parvient à apaiser les esprits. Sayid s'évade. Résumé du flashback Alors que Sayid travaille dans l'armée Irakienne, il est chargé d'interroger Nadia, une ancienne amie. Lorsqu'il est chargé de l'exécuter, il l'aide à s'enfuir.

La 12e nuit, Claire a un cauchemar et du somnambulisme duquel elle se réveille ensanglantée. La nuit suivante, Claire se réveille après avoir été agressée. 14e jour, Jack suspecte que Claire hallucine, et elle décide de quitter la grotte pour la plage. Hurley enquête sur l’agression de celle-ci et décide de recenser les survivants. Sayid, blessé, rejoint la grotte. Hurley inspecte le manifeste des passagers se rend compte qu’il y a un problème avec un membre du groupe. Résumé du flashback Claire apprend qu'elle est enceinte et son ami la convainc de le garder mais il change d'avis par la suite. Lorsqu'elle consulte un voyant, il lui dit qu'elle doit impérativement l'élever elle-même. Il lui propose finalement 12 000 dollars pour qu'elle le fasse adopter par une famille à Los Angeles et qu'elle prenne le vol 815.

Le 14e jour, Ethan, l’intrus détecté par Hurley, a enlevé Claire et Charlie. Ethan n'étant pas un survivant, ils ne sont plus que 45. Locke, Jack, Kate et Boone partent après Ethan, vers le Nord, puis se séparent lorsque la trace d'Ethan semble se dédoubler. Jack et Kate sont sur la bonne piste, mais Jack se fait attaquer par Ethan qui lui dit que s'il ne cesse pas de le suivre il en tuera un des deux, avant de l’assommer. Ils trouvent le corps de Charlie. Jack a réussi à réanimer Charlie qui ne se souvient de rien, qui ne sait que dire : « c'est juste Claire qu'ils voulaient » (« they only wanted Claire »). Locke et Boone sont surpris par la nuit. Résumé du flashback Christian, le père de jack, fait une erreur alors qu'il est en train d'opérer et Jack, prévenu par une infirmière, le remplace au bloc. Malgré ses efforts, la patiente succombe à ses blessures. Lorsque le mari de la patiente souhaite attaquer son père, Jack dénonce que son père était sous l'influence de l'alcool et qu'il a sectionné une artère, entraînant le décès de la patiente.

Du 15e au 18e jour, pendant quatre jours, Locke et Boone explorent en secret la trappe métallique qu'ils ont trouvée lorsqu'ils cherchaient Claire. Le 19e jour, Kate et Sawyer trouvent deux corps de l'avion et une mallette ; la mer monte de plus en plus sur la plage. La 19e nuit, Kate essaie de voler la valise à Sawyer. Le 20e jour, Sawyer essaie désespérément d’ouvrir la mallette, et Kate de la voler. On apprend enfin des éléments sur les crimes de Kate : elle est une braqueuse de banque patentée, et la mallette a affaire avec elle. Sayid demande à Shannon de l'aider à traduire les notes en français (en allemand dans la version française) sur les documents qu’il a volés à Danielle lorsqu'il s’est échappé. Kate convainc Jack de récupérer la clé sur le cadavre du marshal qu'ils vont devoir déterrer. Le 21e jour, les survivants de la plage déplacent le camp plus loin de la mer. La 21e nuit, Shannon révèle que les notes en français correspondent à la chanson La Mer de Charles Trenet. Résumé du flashback Kate est complice du braquage d'une banque. Elle tire sur ses complices quand ceux-ci veulent tuer le directeur puis récupère dans un coffre un petit avion en plastique qui appartenait à l'homme qu'elle a tué.

Le 22e jour, Locke et Boone se demandent comment ouvrir la trappe qu'ils ont découvert. Boone veut le raconter aux autres, mais Locke l’assomme et le ligote. Sun et Kate cultivent une espèce de jardin potager que Sun a créé. Quelqu'un ligote aussi Shannon, et Boone parvient à se détacher, à détacher Shannon et à se cacher alors que le monstre de l'île les attaque. Kate à son tour apprend que Sun parle anglais. Hurley essaie de se réconcilier avec Jin. Shannon dit que c’est Locke qui l’a attachée ; le monstre attaque à nouveau et cette fois Shannon y passe. Boone découvre finalement que Shannon va bien et que tout ceci n'était qu'une vision. Résumé du flashback Shannon appelle Boone et se fait agresser alors qu'elle est en Australie. Boone donne 50 000 dollars pour que son ami la quitte. Il s'avère cependant que c'était un coup monté par Shannon et son ami. Celui-ci la quitte finalement et ils repartent ensemble à Los Angeles.

Le 23e jour, Locke apprend à Walt à lancer des couteaux, ce qui évidemment rend le père furieux. Le 24e jour, Sayid commence à déchiffrer la carte. Michael décide de construire un radeau. Le 25e jour, la tension monte entre Michael d’une part, et Walt et Locke d’autre part. Walt disparaît dans la jungle, et Locke et Michael partent à sa recherche. On découvre enfin pourquoi Michael et Walt, père et fils, se connaissent si peu. Un ours polaire attaque Walt, Locke et Michael arrivent à temps et Michael blesse l’ours. La 25e nuit, Charlie lit le journal de Claire qu'il a réussi à récupérer auprès de Sawyer. Résumé du flashback Peu après la naissance de Walt, sa mère l'emmène avec elle à Amsterdam et quitte Michael. Deux ans après, elle demande à Michael de renoncer à ses droits sur Walt afin que son mari puisse l'adopter. À sa mort, son mari demande à Michael de récupérer Walt en Australie.

La 25e nuit, Locke et Boone ont retrouvé Claire mais elle ne se rappelle que d'être monté dans l’avion. Le 26e jour, Ethan revient et menace Charlie : il doit ramener Claire sinon il va tuer l’un d’entre eux, un par jour. La 26e nuit, ils font des gardes et installent des alarmes. Le 27e jour, au petit matin, la menace est mise à exécution et Scott Jackson est assassiné sur la plage ; l’assassin serait arrivé par la mer, évitant ainsi le cordon de sécurité. Ils ne sont plus que 44. Jack décide de sortir les quatre pistolets de la mallette, et cinq avec celui de Sawyer (du marshal) et ils vont piéger Ethan (27e nuit) ; pour une fois le plan fonctionne, sauf un détail : Charlie trouve une arme et tue Ethan avant qu'ils n'aient eu le temps de l'interroger. Résumé du flashback Charlie se rapproche d'une femme dans le but de la voler mais celle-ci apprend la vérité lorsqu'il est emmené aux urgences avec l'objet volé.

La 28e nuit, Sawyer se réveille avec un sanglier dans sa tente. Le 29e jour, Sawyer entend à son tour (après Sayid plusieurs épisodes auparavant) des chuchotements dans la jungle. Il se fait encore attaquer par un sanglier, et part le chasser avec Kate. La 29e nuit, leur bivouac est ravagé par le sanglier pendant la nuit (uniquement les affaires de Sawyer). Le 30e jour, Sawyer renonce à tuer le sanglier. Résumé du flashback Enfant, alors qu'il est caché sous son lit, Sawyer assiste au meurtre de sa mère et au suicide de son père. Plus tard, une de ses connaissances, Hibbs, lui donne le lieu où habiterait l'arnaqueur de ses parents. Sawyer se rend alors en Australie et le tue. Juste avant de mourir, il dit à Sawyer qu'il devait de l'argent à Hibbs et qu'il n'est pas l'homme que Sawyer recherchait.

Le 32e jour, Michael et Jin ont un accrochage à propos de Sun. Sawyer décide qu’il partira avec Michael. La 32e nuit, le radeau de Michael part en flammes, et tout le monde suspecte Jin. Le 33e jour, Sayid et Shannon se rapprochent. Sawyer capture Jin et Michael le tabasse, jusqu'à ce que Sun, puis Locke, n’intervienne. Sun révèle qu’elle parle anglais, Locke affirme qu’il y a d'autres occupants dans la jungle, et que ce sont eux qui ont brûlé le radeau. La 33e nuit, Locke apprend que c'est Walt qui a brûlé le radeau. Le 34e jour, Jin et Michael font la paix, Shannon a passé la nuit avec Sayid. L'épisode se finit par la séparation de Sun et Jin sous une musique mélancolique de Damien Rice (Delicate). Résumé du flashback Après son mariage avec Sun, Jin devient un « homme de main » du père de Sun. Après être allé voir son propre père, il décide de changer de vie en allant à Los Angeles afin de sauver son mariage.

Le 36e jour, Michael veut une radio pour son radeau ; il veut pour cela retrouver Danielle Rousseau. La 36e nuit, Hurley trouve dans les notes de Danielle des numéros avec lesquels il a gagné le gros lot au loto dans sa vie d’avant. Il décide de retrouver Danielle. Le 37e jour, il longe la plage (océan main gauche, comme Sayid, c'est-à-dire à peu près vers le nord-est), trouve le câble, le suit, et se fait piéger. Hurley trouve Danielle qui lui parle des nombres. Les nombres viennent de cette île et sont arrivés à Hurley un an auparavant par un chemin détourné. C'est à cause de ces nombres, captés par radio, que l’expédition de Danielle s’est déroutée et naufragée sur l'île. Ils ont ensuite trouvé la tour de communication, puis ils sont tous morts et elle en a changé le signal. Hurley revient avec la batterie, Locke fait un berceau pour Claire. Résumé du flashback Hurley gagne au loto avec les numéros 4, 8, 15, 16, 23, 42. À la suite de cela, une série de malheurs arrive autour de lui. Hurley pense alors que ces numéros sont maudits et va demander à Leonard Simms, un patient d'un hôpital psychiatrique, d'où viennent ces numéros. Il lui dit alors qu'il doit se rendre en Australie.

Le 38e jour, depuis deux semaines, Locke et Boone fabriquaient un trébuchet pour percer le hublot de leur découverte, mais ça ne marche pas malgré la force considérable de l’engin, et à la grande déception de Locke. Le trébuchet se casse et une pointe blesse Locke à la jambe : il se rend compte qu’il ne sent rien. La 38e nuit, Sawyer a des céphalées qui ne partent pas avec le remède de Sun. Locke a une hallucination et voit un avion de tourisme se crasher sur l'île. Le 40e jour, la jambe de Locke a des faiblesses. Locke et Boone trouvent un vieux cadavre, apparemment issu de l’avion que Locke a vu en hallucination, et qu’ils finissent par trouver perché dans un arbre. Boone grimpe et y trouve une carte. La radio fonctionne encore et Boone parle avec quelqu'un, mais la réponse de l’autre partie est masquée par le bruit de l’appareil qui chute avec Boone dedans. Il est grièvement blessé. Le soir, alors que Locke se lamente sur le hublot, une lumière y apparaît. Résumé du flashback Alors que Locke travaille dans un magasin, sa mère le retrouve et lui annonce qu'il est « le fruit de l'immaculée Conception ». Locke arrive cependant à retrouver son père. Il découvre qu'il a un problème de reins et décide de lui en donner un. À la suite de cela, son père rompt tout contact avec lui.

Le 41e jour, Boone est en soins intensifs dans la grotte, Claire est surprise par son accouchement dans la jungle, et c’est Charlie qui doit s’en occuper. La 41e nuit, la jambe de Boone est perdue, et il souffre également d'une hémorragie interne ; Jack se décide à amputer mais Boone préfère l’autre alternative : il ne veut pas souffrir inutilement alors qu'il sait qu'il est fichu. Kate aide Claire à accoucher. Résumé du flashback Jack se marie avec sa femme, Sarah.

Le 42e jour, ils enterrent Boone, et Locke leur dit ce qui est arrivé avec l’avion, mais Boone a parlé un peu avant de mourir, et Jack sait qu’il y a un secret concernant un hublot, et la tension monte entre les deux : Jack agresse Locke. Shannon demande à Sayid de la venger. Locke n’a plus de problème de jambe, et il mène Sayid au petit avion. Ils y trouvent une cargaison d’héroïne. Locke veut gagner la confiance de Sayid et lui avoue que c’est lui qui l’a assommé sur les hauteurs lorsqu'il cherchait un signal, car, à écouter le message (il les a tous tués, ils sont tous morts...), il considérait qu’il y avait trop de danger à trouver l’endroit de la source du signal. Les autres imposent un repos forcé à Claire et Jack. Shannon en profite pour prendre la clé de la mallette, puis s’empare des pistolets. Jack qui en voulait à Locke se retrouve maintenant à essayer de lui sauver la vie. La 42e nuit, Sayid exige de voir le hublot. Résumé du flashback Des membres de la CIA demandent à Sayid d'infiltrer une cellule terroriste en Australie dont un de ses anciens amis, Essam Tasir, fait partie. En contrepartie, ils lui donneront l'adresse de Nadia, l'amie d'enfance qu'il recherche. Essam Tasir se suicide lorsque Sayid lui dit la vérité.

Le 43e jour, le radeau va bientôt partir, il le faut car la mousson approche. Kate veut une place sur le radeau. Locke et Sayid montrent la structure à Jack et veut tout comme Locke, essayer de l'ouvrir. Michael a une crise de coliques, et Jack suspecte qu’il ait été empoisonné, pour qu'on lui prenne sa place. Il s'agit en fait de Sun, qui a voulu empêcher Jin de partir. À la fin de l'épisode, Walt révèle à son père que c'est lui qui a mis le feu au premier radeau. Résumé du flashback Kate veut rendre visite à sa mère à l'hôpital, mais sa chambre est gardée par un policier. Elle retrouve son ami d'enfance, Tom Brennan, et part avec lui déterrer une « capsule témoin » contenant notamment un avion en plastique (celui pour lequel elle a braqué une banque et qu'elle a retrouvé sur l'île dans la valise du marshal). Tom travaillant à l'hôpital, il aide Kate à parler à sa mère mais celle-ci crie à l'aide et Kate s'enfuit. Dans sa fuite, Tom la suit mais se fait tuer.

La Française débarque sur la plage pour prévenir les naufragés que les Autres arrivent. Le temps presse, tout le monde met la main à la pate pour permettre au radeau de partir le plus vite possible. Dans le même temps, le signal menaçant ayant été donné, Jack veut trouver un moyen d'ouvrir l'écoutille...

(Partie 1) Le radeau parti, les survivants rassemblent leurs affaires pour trouver refuge aux grottes avant la tombée de la nuit. Pendant ce temps, Danielle abandonne Jack, Kate, Hurley, Locke et Arzt au Rocher Noir. Ils inspectent rapidement la coque du bateau à la recherche des explosifs qui leur permettraient d'ouvrir l'écoutille. Face à la menace imminente, Claire panique. Elle craint pour la sécurité de son bébé... (Partie 2) Alors qu'il traverse la jungle en transportant de la dynamite avec Kate, Jack et Hurley, Locke se retrouve en mauvaise posture. L'île a-t-elle décidé de se débarrasser de lui ? Sawyer, Michael, Walt et Jin voguent vers le large à la recherche de secours. Sayid et Charlie sont sur les traces de Danielle, partie à la rencontre des «Autres». Elle espère échanger le bébé de Claire contre la fille qui lui avait été enlevé quelques années plus tôt...