Peña nació y se crió en Chicago, a Nicolasa, una trabajadora social, y Eleuterio Peña, que trabajaba en una fábrica de botones. Sus padres eran originarios de México. Después de graduarse de la escuela secundaria, acudió a una convocatoria de casting abierto para la película de Peter Bogdanovich Rebelión en las aulas 2 (1996), y para su sorpresa, venció a cientos de otros jóvenes por un papel. Después de mudarse a Los Ángeles, Peña rápidamente reservó una sucesión de roles en características como Star Maps, Mis queridos compatriotas (1996) (junto a Jack Lemmon y James Garner), La cucaracha (1998) (ganador del premio a la Mejor película en el Festival de cine de Austin) , Bellyfruit (1999) y Disney / Jerry Bruckheimer cuentan con 60 segundos (2000). Michael reside en Los Ángeles, donde toca el bajo con su banda, juega golf y cajas para relajarse.