包公（金超群 饰）奉命彻查蔡河决堤事件的始末，都水监杜平向包公揭发王公大臣于蔡在河边私自搭建亭台楼阁导致惨剧。然而，机敏过人的公孙策却在其中发现了疑点，大坝工程的偷工减料才是蔡河决堤的首要原因，而杜平的舅父罗琼则牵扯其中。

早朝之时，皇帝下旨由开封府协同都水监，清查违建，然后全数拆除，包拯从都水监调用主簿杜平到开封府听用。从王丞相口中，包拯得知杜平乃是杜斌之子。包拯召集众人商量清查违建的事，并且包拯担心有人可能会毁坏杜平的图纸，以达到破坏清查违建的目的。艾虎主动请求去保护杜平，包拯同意了。清查的名单上都是朝廷重臣，包拯让杜平按照名单中的顺序清查。包拯打算从太师府着手，他亲自去查，他认为从位高权重的人着手，可以起到震慑之效。包拯告诉庞太师，太师府是第一个被清查的府邸乃是刻意安排的，庞太师虽生气，但也无可奈何。包拯命都水监丈量观月台后就走了，庞太师将气都撒在管家庞福身上，他让庞福想办法保住观月台不被拆除。庞福找到杜斌帮忙，杜斌说他也爱莫能助，庞福撂下狠话后离去。洪昌来找罗琼，说起堤防工程质量太差的事，罗琼让他放心，包拯的注意力现在全在查违建上，不用担心。公孙策告诉包拯，他发现去年重修的堤防严重的偷工减料也是发生水灾的原因之一。

包拯要将事实上奏给皇帝以追究将作监判监事洪昌的罪过，公孙策建议暗中追查堤防偷工减料的事，等河道中违法建筑拆除后，再追查堤防之事。杜斌去找庞太师说杜平也无能为力，还说包拯在拆违建时要从观月台开始。包拯向王丞相说了清查工作，还提到了堤防偷工减料的事。洪昌让验收河堤工程的李楠请假回家，包拯告诉王丞相他准备等违建拆除之后再去追查堤防弊案，王丞相让包拯加快清查，清查完后和他一起去找洪昌，询问溃堤弊案之事。洪昌去找罗琼，告诉他李楠离开的事，并且洪昌希望罗琼让承包工程的包商徐宾出去避避风头。罗琼让于猛去找徐宾，让徐宾到大名府避避风头，并且顺便杀掉李楠。庞福告诉庞太师，开封府清查违建的速度很快，有些人出资找江湖人处理，庞太师知道后准备等待时机。杜平将清查情况告诉了包拯，突然一批人闯入开封府，直奔杜平房间，目的是焚毁所有的图纸，大部分人被杀，少数受伤被抓。李楠已被杀死，杜斌对有人夜闯开封府的事情心态很平静。王丞相知道此事后去见包拯，包拯安排展昭亲自保护图纸，王丞相要求尽快清查完毕。庞福对庞太师说他无法保护观月台，庞太师决定进宫打探消息。庞贵妃告诉庞太师，明天早朝时，皇帝会在金銮殿宣布清查违建的结果，并且追究罪责。早朝之时，还没等皇帝开口，庞太师自行请罪决定拆除违建并且捐五千两银子用于救灾，随后众人也都承认了自己的过错，他们被罚一千两银子并让自行拆除。王丞相对于庞太师的做法感到意外，他和包拯一起来到将作监，王丞相向洪昌询问溃堤弊案之事，洪昌说这堤防工程是民间承建的。包拯询问洪昌包商徐宾与验收工程的李楠二人的下落，洪昌说查明之后禀告，王丞相将此案交给了包拯处理，杜平在家听到了洪昌与罗琼的对话，知道了溃堤弊案与罗琼有关。杜斌来找庞太师，说愿意找人免费帮助太师府拆除观月台，并且在太师府合法的建筑上翻新重修，在原址上建一个一样的观月台，并且拿出了五千两银子，庞太师很高兴。

包商徐宾不在开封去了大名府，张龙带着开封府的公文去拘捕他，赵虎带人去打听李楠的下落，这两个重要的关系人都不在京城，包拯认为这两人都是被刻意安排离开的。包拯已查明批复发包堤防修筑之人正是洪昌，等徐宾和李楠归案后掌握相关证据再逮捕洪昌，于猛告诉罗琼，他已经通知大名府的人除掉徐宾。包拯准备等弊案查办的更有进展之时再向皇帝禀奏，违法建筑的拆除让皇帝心情变得好了很多。杜平将洪昌来到府里找罗琼的事告诉了杜斌，杜斌告诉罗琼，杜平看到了他和洪昌见面，说不定他也听到了什么东西，如果洪昌将他供出来，能不能过关，就要看他的造化了，罗琼显得很慌乱。包拯收到了李楠的死讯，他们判断李楠定是被杀人灭口。等张龙找到徐宾时，他也死了。罗琼对于杜平也想下手，杜平不是杜斌的亲生儿子。洪昌告诉罗琼说想让杜斌出面帮他摆脱嫌疑，罗琼说他会给杜斌说的。包拯将王丞相约到开封府商议案情，公孙策将对洪昌的分析告诉了王丞相，因没有洪昌涉案的证据，暂将洪昌安置在驿馆候查，派人看守，限制其进出。罗琼打算对洪昌下手，杜斌让于猛按他交待的去做，于猛见到洪昌，他将杜斌的主意告诉了洪昌，洪昌写完认罪书后被于猛杀死，然后被吊于房梁之上。公孙策发现了洪昌脖子上的瘀伤，展昭发现洪昌房门被撬动过的痕迹，展昭从伤口上看出是锁喉功导致洪昌致命。

公孙策解剖后证实洪昌是死于锁喉功之下，包拯从洪昌的遗书中看出洪昌有乞命之意并没有轻生之心，展昭推测杀手应该是洪昌的熟人，包拯推测此人应该来自江湖，展昭发动江湖朋友寻找线索。杜平自从听到罗琼与洪昌的对话后，整日心神不宁。包拯和王丞相将河堤偷工减料的事告诉皇帝，皇帝对此感到十分自责，他命包拯查出幕后原凶。公孙策查出，近三年来将作监对外承包的工程有三成是徐宾承包的，公孙策向包拯提议，让将作监以清查洪昌贪污为名，将其他包商分别传来问话，包拯同意了。罗琼听到将作监传包商问话的消息，连忙去找杜斌商议，杜斌也担心会查到自己以前犯罪的证据。他急忙去找庞太师，从庞太师口中杜斌得知，实际问话的乃是包拯。杜斌想让庞贵妃给皇帝关说，让皇帝下旨命令包拯停止传唤包商问话，以免影响包商的声誉，庞太师同意去找庞贵妃并让杜斌准备礼物送给庞贵妃。杜斌推测，包拯根本不相信洪昌是自杀的，杜斌打算送珍珠衫给庞贵妃。庞太师将珍珠衫送给了庞贵妃，并且将杜斌的说法告诉了庞贵妃，庞贵妃答应告诉皇帝。为确保万无一失，罗琼让于猛杀掉杜平，于猛犹豫不决。艾虎感觉杜平不对劲儿，他猜杜平家中肯定出了事，展昭从杜平的言行举止中看出杜平家中肯定有人参与了洪昌贪赃枉法的事。皇帝看到庞贵妃身上穿的珍珠衫，似有不满。听完庞贵妃的话后，皇帝打算问过包拯后再做打算。包拯认同了展昭的推论，并且他从王丞相那儿了解到了杜平的身世，原来杜平并非杜斌亲生儿子，杜平年幼之时，家中惨遭灭门，杜斌见他孤苦无依就收养了他，并且包拯知道了杜平的舅舅名叫罗琼。

原来包商名单上有一人也叫罗琼，包拯推测，因为杜平知道了罗琼涉案，所以每天才会心神不宁。宫中来人传旨，让包拯进宫。皇帝命包拯拿着珍珠衫去找庞太师，以此为线索查明幕后真凶。包拯带人来到太师府，看到珍珠衫，庞太师脸色大变，急忙让众人退下。公孙策查到了罗琼犯罪的证据，也明白了杜平心神不宁的原因。庞太师将珍珠衫的事告诉了包拯，他说是杜斌利用了自己。杜平找罗琼问话，罗琼说出了和洪昌贪污受贿的事。杜平准备去开封府揭发真相，于猛突然出手杀了罗琼，艾虎赶到和于猛交手，不敌之下，展昭来到将于猛擒获。包拯来到杜府询问杜斌，于猛被带回开封府关押，包拯让杜斌近期不要外出，以配合调查。包拯审问于猛，于猛将所有的罪行都揽到了自己的身上。包拯对于猛所说产生了怀疑，他推测杜斌也有可能涉案。杜平看到了公孙策拿出的珍珠衫后，十分震惊。王丞相看到珍珠衫后指出它是杜平生父佟林的传家之宝，当年佟家惨遭灭门之后，珍珠衫和其它财宝一起被杀手抢走了。杜平回到家见到杜斌，他将自己生父被害的事和杜斌联系在了一起，杜平一口咬定杜斌是杀人凶手。杜斌说出了自己让罗琼承包工程牟利的事被佟林发现，但佟林不愿揭发他而辞官返乡，不料罗琼和于猛瞒着他去杀了佟家满门，杜斌的和盘托出让杜平情绪激动。杜斌让杜平拿刀为家人报仇，杜平举刀之时被展昭阻止，杜斌被带回开封府。于猛在狱中自尽，杜斌被判铡刀之刑。

包拯和王丞相一起上奏皇帝，溃堤弊案原凶皆已伏法，涉案堤防也已经重修，违建也已经在拆除，听到这些，皇帝很是欣慰。皇帝下旨，任命杜平为宁乡知县，宁乡是他的故乡。王丞相告诉包拯，派他为贺契丹正旦使，是为了让他顺便去查边关守将通敌叛国的案件。公孙策告诉艾虎自己和她并非官职在身，因此不能随包拯前往契丹，但必须前往真定府协助包拯查案。包拯向众人声称，朝廷接获密报，指称镇守北疆的将军袁杰有通敌叛国之嫌，为查此案，枢密院任命他为巡边军使，有此任命，他可以代表枢密院考察军政军务，也有了对武官的赏罚之权。由于包拯离开，开封府暂由少尹冯廷代行府务。日本呈递国书说想和大宋结盟，并将天皇之姐静香公主以和亲之名送来大宋，为皇帝嫔妃，但皇帝坚决不同意纳异族女子为妃。无奈之下，王丞相去找八王爷帮忙，八王爷答应去劝劝皇帝。在八王爷的劝说下，皇帝答应纳静香公主为妃。从喜鹊口中，庞贵妃得知，皇帝同意纳静香公主为妃，并且内侍省在后宫给她修了一座庭院，叫做大和宫，称她为和贵妃。包拯派公孙策和艾虎去真定府了解袁杰的情况，他自己去了契丹境内。公孙策打扮成走方郎中，艾虎扮成药童跟着，两人来到真定府后在一间寺庙落脚。包拯等人来到契丹与大宋的交界之处，展昭拿出国书，一行人顺利进入了契丹。喜鹊想去大和宫看和贵妃，她在门口遇上丁公公，丁公公告诉她皇帝命人封了大和宫的门，不许任何人进出，丁公公想让喜鹊帮忙给庞贵妃说把他弄进珍晟宫。

喜鹊回去后将情况告诉了庞贵妃，庞贵妃打算找机会问一下皇帝，为什么不允许人出入大和宫。在庞贵妃的乞求下，皇帝同意庞贵妃去大和宫看和贵妃。从寺庙主持的口中，公孙策得知袁杰在真定府受到百姓爱戴，因袁杰饱受病痛之苦，管家袁忠来到寺庙，请求僧人为袁杰祈福。艾虎告诉主持，先生公孙策医术高明，一定可以治好袁杰。袁杰在为自己的手臂不能动而忧虑，袁忠告诉袁杰，他认识一位有祖传秘方的大夫，一定可以治好他的手臂。袁忠将袁杰的情况告诉了公孙策，公孙策声称此病并不难治，他猜出袁杰害怕用针，因此病才久治不愈，公孙策决定准备好药材后再去给袁杰治病。公孙策对袁杰说了自己的治疗方法，他在袁杰不知不觉中完成了施针治疗。公孙策告诉艾虎，在替袁杰治病这段时间，可以顺便打探消息，以等待包拯的到来。庞贵妃又去大和宫看望和贵妃了，她离开后，和贵妃身旁的鬼冢让和贵妃多在庞贵妃身上下功夫，以借此达到让皇帝来大和宫的目的。包拯一行人离开契丹来到真定府住进了驿馆，公孙策将对袁杰的所见所闻写成书信，交由展昭带回驿馆给包拯，因公孙策要为袁杰治病，因此不回驿馆，依旧和艾虎住在寺庙。

看完公孙策的信后，包拯并未发现有何可疑之处。因告密之人乃是袁杰的下属，贸然与他见面，定会引起袁杰的怀疑，包拯决定以巡边军使的身份去视察军务，顺理成章的与那告密之人见面。包拯见到袁杰，展昭问起袁杰受伤的事，袁杰声称陈年旧伤并不影响自己上阵杀敌。包拯决定去秦风统率的步军巡视，袁杰让副将雷通陪同包拯前往。原来那秦风就是向朝廷告密的人，展昭告诉包拯，他认为袁杰没有隐瞒自己受伤的事实，可看出他是个坦率之人，他的反应如此强烈是不想让包拯认为他无力上阵杀敌，导致朝廷对他统率大军产生疑虑，他认为袁杰通敌叛国的可能性不大。袁杰怕包拯将自己受伤的事回报朝廷，他让公孙策想办法尽快治好自己的手臂。御医周岩上奏皇帝，庞贵妃怀孕了，皇帝大喜。包拯在秦风手中拿到了证明袁杰通敌叛国的两份密函，并且包拯得知两名送信的信差已经被当场格杀。秦风声称密函中有袁杰的亲笔签名，包拯决定设法取得袁杰的笔迹核对后在判断。和贵妃差人向庞贵妃送去了纸鹤，说是为了替庞贵妃祈福，庞贵妃决定劝皇帝去大和宫看和贵妃，皇帝答应了。皇帝从大和宫离开后，和贵妃声称皇帝一定会再来。因拿到袁杰通敌叛国的证据，展昭去寺庙找公孙策，让他回驿馆辨别真伪。包拯希望公孙策和艾虎在给袁杰治病时，让艾虎顺便取得袁杰的笔迹。离开大和宫的皇帝似乎显得心神不宁。

公孙策在替袁杰治病时，艾虎趁机拿到了袁杰的笔迹。包拯让雷通告诉袁杰，自己准备休息一日，明日不去巡视了。包拯准备等公孙策取回袁杰笔迹核对后，采取相应的行动。公孙策用密函与艾虎取回袁杰的笔迹两相对比，证实笔迹无误，但书写两份文件的墨并不相同，因一般人用墨，对墨香各有所好，总会在选定之后整批订制，包拯认为那密函并非袁杰惯用之墨所写。因书写两份文件的纸张相同，包拯认为袁杰尚不能洗清嫌疑。公孙策从袁忠手中拿到了袁杰惯用的墨和纸张，并且得知，袁杰平时所用的纸张，乃是秦风送的。公孙策认为密函并非袁杰所写，展昭认为是秦风诬陷袁杰，调查的对象应该转移到秦风身上，包拯派展昭去秦风营区调查信差被当场格杀的事。大和宫中，鬼冢派叶子去给庞贵妃下毒，致其流产。庞贵妃流产后，情绪不稳，皇帝急忙去看她，庞贵妃告诉皇帝，御医周岩称她再也怀不上孩子了，皇帝声称可以将其她嫔妃所生的孩子过继到她的名下。夜晚，皇帝去了大和宫却并未留下过夜。