No mundo de Daikuri, todos nascem com o sexo feminino e escolhem qual sexo desejam ter a partir dos 17 anos. Num país chamado de Nação Imperial, uma terra pacífica onde reina a teocracia do Simulacrum é protegida através de máquinas voadoras chamadas de “Simoun”, que só podem ser pilotadas por garotas que ainda não escolheram seu sexo. Os Simouns utilizam um poder chamado “Ri Maajon”, capaz de destruir uma grande quantidade de inimigos instantaneamente. Quando a nação industrializada de Argentum decide que precisa invadir a Nação Imperial para adquirir o segredo dos Simouns, uma guerra começa, onde as Sybillae Simoun (sacerdotizas que voam nos Simouns) entram dentro de uma batalha em desvantagem numérica em relação as máquinas voadoras de Argentum. Devido a um endurecimento nos combates, a algumas Sybillae é concedida a chance de irem para a Fonte (local onde elas fazem sua escolha sexual). Diante desses desafios, Aeru, uma jovem com passado misterioso e Nevril, a líder do Coral Tempestade, uma espécie de esquadrão de elite dos Simouns, tem que conduzir sacerdotizas como elas dentro dos conflitos existentes nos céus.