Baseado no filme de 1975 " Três Dias do Condor". Joe Turner descobre que a CIA está usando um algoritmo que ele desenvolveu para espionar as pessoas, levando a organização a uma conspiração terrorista que ameaça a vida de milhões de pessoas.

A notícia do massacre é propagada no IEP.

Bob procura um aliado depois de saber que precisa se retirar da operação para encontrar Joe. Reuel questiona o conhecimento de Mae sobre o comportamento recente de Sam.

Com a força-tarefa se aproximando, Joe é forçado a fugir com Kathy. Marty suspeita que há um espião em sua equipe. Reuel se preocupa cada vez mais com a lealdade de Bob. A busca de Joe por respostas o leva a duas pessoas importantes de seu passado.

Reuel e Marty esperam que Caleb Woolf seja a chave para a captura de Joe. Bob tenta extrair informações de Joubert. Em Riad, um plano é colocado em ação.

Mae é atormentada por perguntas insistentes sobre a morte de seu marido. Caleb conta a Joe sobre sua fonte na CIA. Joubert e Boyd se cruzam na casa de Kathy e fazem uma descoberta crucial.

Outra pessoa próxima a Joe é encontrada morta. Bob compartilha sua teoria sobre o ataque à IEP com Sharla. Iris dá a Mae informações que colocam a vida de ambas em risco.

Joe continua reunindo evidências. Bob envia uma missão de captura sem a aprovação de Reuel. Mae recebe informações de Iris sobre Sam e Elden. Nathan confronta Gareth.

O passado traumático de Deacon vem à tona. Sharla persegue Joubert. Mae faz uma descoberta aterrorizante. Depois que a localização da trama é descoberta, Bob considera todas as suas opções. Enquanto isso, Joe obriga Janice e Caleb a ajudá-lo.

No emocionante final da primeira temporada, a moralidade de Joe é posta à prova quando ele tenta impedir um ataque terrorista biológico.