１５時８分、日比谷。人通りの多い繁華街で爆発が起きた。大規模で凄惨なこの事件を、警察はテロの可能性も視野に入れて捜査すると発表した。警視庁公安部公安第二課巡査部長・倉木尚武（西島秀俊）は、監察医務院で、爆心地にいた妻の千尋（石田ゆり子）のもはや原型を留めていない遺体を確認する。彼を案内した捜査第一課警部補の大杉良太（香川照之）は気遣う言葉をかけるが、倉木は事件の詳細について大杉を追及する。「なぜ妻は死ななければならなかったのか？本当の事実が知りたい」その強い思いが、倉木を衝き動かしていく。一方、山道を進んだ崖の上で、新谷和彦（池松壮亮）は銃口を突きつけられていた。にじり寄る男たちに、新谷は「お前は百舌に早贄にされる」と告げ、崖から蹴り落される。そして爆発事件の捜査は進み、爆心地で遺体で見つかったフリーライターの筧俊三（田中要次）という男が爆弾所持者と断定された。「私情を挟む」という理由で捜査への参加を許されなかった倉木は、筧が所属していたサイバー・テログループの幹部に単独で接触。強引な手口で情報を集める。大杉は、そんな倉木を訝しくも不思議に思い、裏で彼の素性を探り始める。そしてある夜、倉木は仕事帰りの公安部公安第二課巡査部長・明星美希（真木よう子）に接触する。あしらって立ち去ろうとする美希だが、倉木はそれを許さない。彼を“怖い”と感じた美希は、自分が当時、新谷和彦という男を追っていたこと、そしてその先で目撃した、筧と謎の女について話し出す。一方、都心から外れた病院の一室では、崖下から緊急搬送された男が目を覚まし…。

都心の繁華街で起きた爆発事件は多くの死傷者を出し、多くの人の心にも傷を付けた。爆発を目の当たりにした少女は、現在療養施設の一室で、一心不乱に奇妙な絵を描き続け、現場で「おばけを見た」と言うのだった。一体少女は何を見たのか…。そんな中、大杉（香川照之）は鳴宮啓介（伊藤淳史）の勤務する交番で、爆発時刻の現場の監視カメラ映像を確認していた。しかし、少女が見ていた場所を映したはずの映像が一向に見つからない。大杉は、誰かが故意に映像を消去したのではと睨む。一方、倉木（西島秀俊）は、爆発事件に関する全ての情報を引き出すために美希（真木よう子）を食事に誘う。そうして美希から引き出した情報をもとに、大手警備会社アテナセキュリティの役員・東和夫（長谷川博己）に接触する倉木。東は殺し屋・新谷和彦（池松壮亮）の雇い主という疑惑のある男だった。問い詰める倉木に、東は…。一方、記憶を失ったままの新谷は、里村（村杉蝉之介）から聞いた「新谷和彦」の住むアパートに現れる。その情報はすぐに美希の耳に入る。それは同時に、東の片腕である中神甚（吉田鋼太郎）の耳にも入った…。

新谷（池松壮亮）に接触したものの正体を見破られた美希（真木よう子）は、危険なところを倉木（西島秀俊）に助けられた。“新谷の妹”の存在を隠されていたと知った倉木は、今度こそすべての情報を教えるよう美希に迫る。そして、大杉（香川照之）を含めた３人で会した際、美希は新谷についての情報を伝える。美希が去った後、大杉は５年前に千尋（石田ゆり子）が参加した極秘作戦「グラークα作戦」について倉木に尋ねる。そこで千尋に何があったのか…それは倉木にもわからなかった。その夜、帰宅した倉木は、寝室にある鏡台の引き出しの１つが施錠されていることに気づく。千尋が何かを隠したのか？またひとつ増えた妻の秘密…。ふと、娘が描いた自分の似顔絵を眺めた倉木は、その紙に不自然な凹凸があることに気づく。絵の裏を鉛筆で塗りつぶしてみると、浮かび上がったのは、ある恐ろしい可能性だった。一方、新谷は入院中に出会ったフリーライターの中島葵美（有村架純）に連絡し、自分の素性調査を依頼する。葵美は新谷の通っていた小学校を訪ね、そこで当時の彼が写った卒業アルバムを手に入れる。さらに新谷の実家を訪れた葵美は、荒んだ暗い家の中に恐る恐る足を踏み入れる。そんな中、東（長谷川博己）から危険な指示を受けた中神（吉田鋼太郎）が倉木に迫り…。

夜の六本木警察署前で、一人娘のめぐみ（杉咲花）の夜遊びを叱りつける大杉（香川照之）。言い合う２人の前に、美希（真木よう子）が現れる。彼女には大杉に伝えなければならない、倉木（西島秀俊）からの伝言があった。倉木への襲撃に成功した中神（吉田鋼太郎）は東（長谷川博己）に褒められ、次は新谷（池松壮亮）を生け捕りにするべく意気揚々と動き始める。一方、全身に怪我を負って入院している倉木のもとに、伝言に従って大杉が現れる。倉木は大杉に、美希が警視庁警務局特別監察官・津城俊輔（小日向文世）警視正と繋がっていることを教える。津城の仕事は、警察内部の不正や犯罪を調査し、闇から闇へ葬り去ること。彼が動いているということは、爆発事件には大きな陰謀が隠されているかもしれないことを表していた。さらに倉木は大杉に、捜査を続ければ家族が犠牲になる可能性があると告げる。既に家族を亡くしている倉木の忠告に、大杉は言葉に詰まる。そんな中、大杉のもとにめぐみが万引きをしたとの連絡が入る。大杉が店に駆け付け謝罪し、事は収まるが、めぐみは無実を訴える。しかし大杉はそれを信じない。「警察官なんて大嫌い」…娘から父に投げつけられたその言葉には、親子の間に溝を作ったある事件の陰があった。夜、一人で帰路につく大杉の前に、ゴシップ誌の記者が現れる。昼間の万引き騒動を嗅ぎ付けていた記者は、それを表沙汰にしない代わりに、行き過ぎた捜査をする倉木の発言を録音してきてほしいと取引を持ちかけ…。

津城（小日向文世）たちと手を組んだ倉木（西島秀俊）と大杉（香川照之）は、爆発事件に居合わせた高校生・南貴之（染谷将太）を訪ねる。映画研究部の南は、爆発直後の現場をカメラで撮影していたのだ。そこには、がれきの中で泣いている少女と、少女の見つめている先にある“何か”が映されていた。この映像が公安に隠蔽されていたと考えた倉木たちは、少女のいる療養施設を訪ねる。謎の絵が描かれた画用紙が散乱する中で、少女は未だ絵を描き続けていた。できた、と少女は言うが、どの絵も何が描かれているのか全くわからない。しかし思い立った倉木が少女の絵を床に並べていくと、大きな１枚の絵が現れる。そこに描かれていたのは、ある不気味な光景だった…。一方、中神（吉田鋼太郎）の部下に拉致された新谷（池松壮亮）は、ICチップの在り処を吐くよう厳しい拷問を受けていた。教えようにも記憶が戻らない新谷は、時間がほしいと懇願するが聞き入れてもらえない。しかも葵美（有村架純）の存在に気がついた東（長谷川博己）は、葵美が“使える”と確信。新谷の前に連れてくるよう中神に命じる。その頃、津城たちもまた、防犯カメラの映像から葵美にたどり着く。彼女に危険が及ぶ可能性を察知した倉木・大杉・美希（真木よう子）は、即座に葵美の保護に向かう。そして葵美が連れ去られるのをすんでの所で阻止し、追ってくる男たちをなぎ倒しながら逃げる倉木たち。しかしそこに、中神が立ちはだかり…。

ICチップの在り処を思い出せない新谷（池松壮亮）に対して、中神（吉田鋼太郎）たちの拷問は続く。葵美（有村架純）の前で激しいショックを受け続け、意識がもうろうとする新谷。その目に、葵美が彼の実家から持ってきた絵本が映る。表紙に不思議なマークが描かれたもので、それを見た新谷の脳裏に失われていた記憶が一気に蘇っていく。自らの生い立ち、新谷兄妹の関係、そして爆発事件の日の出来事…。一方、オフィスに集まった倉木（西島秀俊）・大杉（香川照之）・美希（真木よう子）に、津城（小日向文世）はある報告書を差し出す。「我々は大きな勘違いをしていたようだ」…その報告書は誰も予想だにしなかった１つの事実を示していた。美希は、改めて爆発事件当日の新谷の妹の足取りを辿っていく。あの日、本当は何があったのか？新谷のすべての記憶が呼び起こされた時、大きな闇が目を覚まそうとしていた…。

百舌・新谷宏美（池松壮亮）がすべての記憶を取り戻し、覚醒した。現場から逃走し身なりを整えた百舌は、かつて通っていた小学校を訪れる。殺された葵美（有村架純）が心残りにしていた、借りたままのアルバムを返すためだ。アルバムを受け取った管理作業員の寺門（品川徹）は、百舌のことを兄の和彦だと思い懐かしがる。和彦は事ある毎に妹をかばっていた…そんな話を聞かされた百舌は押し寄せる感情を堪え、「ひとり残らず殺す」ことを誓う。一方、倉木（西島秀俊）たちが百舌の足取りを掴めない中、美希（真木よう子）は倉木に、自分は夢でダルマを見たことがあると告白。そして自分宛に届いた、警察の極秘作戦「グラークα作戦」に関する資料を差し出す。所々黒く塗りつぶされた文章の中に、倉木は上司である室井玄（生瀬勝久）の名前を見つける。室井にそのことを問いただすと、室井は倉木をある場所に連れて行く。毎週金曜日に室井が向かう場所…そこは何年も意識が戻らない室井の娘の病室だった。そんな中、大杉（香川照之）は津城（小日向文世）と酒を飲んでいた。津城に巨悪と戦う覚悟を問われ、あると答える大杉。そんな彼に津城は「あなたの力で公安警察の闇を暴きませんか」と持ちかける。津城と大杉、そして美希の３人が動く頃、百舌はレストランで東（長谷川博己）を殺すタイミングを伺っていた。離れた席にいる東を見つめ、アイスピックを取り出す百舌。そこに１人の男が現れる。「初めまして、新谷宏美君」そう言って百舌の前に座ったのは、倉木だった…。

爆発事件捜査の指揮を執る若松（戸田昌宏）を尾行中の大杉（香川照之）たちは、無人のスタジアムにたどり着く。若松は誰かといるようだが、その相手の姿は暗くて見えない。すると、若松と謎の人物の前にもう１人、大杉たちの知る人物が現れる…。一方、倉木（西島秀俊）は、筧（田中要次）のかばんに爆弾を入れた謎の女は、妻の千尋（石田ゆり子）だったと室井（生瀬勝久）に告げる。自分が妻を追い詰めたと話す倉木。室井はそれを否定し、彼がかつて責任者を務めた極秘作戦「グラークα作戦」で、千尋に何があったのかを語り始める。後日、東（長谷川博己）は荷物を引き払い、アテナセキュリティを去ろうとしていた。そこへ、兄・和彦の復讐に燃える百舌・新谷宏美（池松壮亮）が現れ、アイスピックを振りかざして襲い掛かる。一方、倉木は大杉たちにも、謎の女の正体を報告する。大統領の警備計画書が取り引き材料だったことから、筧は大統領暗殺を計画していたのだろうと推測する倉木。驚く大杉たちに、津城（小日向文世）はある映像を見せる。それは、津城が若松の尋問をしている映像だった。若松の証言により、「爆発事件の真相は明らかになった」と告げる津城。しかし倉木は別の人物が黒幕だと考え、単身その人物のもとへ向かい…。

千尋（石田ゆり子）はなぜ爆弾を起動させたのか…その理由がわからず爆発現場を訪れた倉木（西島秀俊）は、物影にいる何者かに気づく。その影を追って倉木がたどり着いた先には、東（長谷川博己）が待ち受けていた。東は「助言」だと言って、ある小説に登場する理想郷“オメラス”について話し出す。一方、警察によって独房に隔離された百舌・新谷宏美（池松壮亮）の衝動は限界に達していた。極限状態の百舌は、まるで獣のように周囲を威嚇し、うめき声をあげ暴れる。そこに何者かが現れ…。後日、爆発事件の黒幕である公安部部長・室井（生瀬勝久）は、彼が暗殺を企てているサルドニア共和国大統領の来日までの間、津城（小日向文世）たちによって軟禁されることが決まった。室井をすぐに処分しない津城に対し、疑いを向ける大杉（香川照之）。しかし津城はそれを一蹴し、倉木たちに協力を求める。室井を乗せて車を走らせる倉木たち。到着した軟禁先は、静かな水辺に佇む別荘だった。穏やかな風景を見つめる倉木。その傍に美希（真木よう子）が座る。妻と娘を失った倉木と、帰らない父親を待ち続けている美希…同じ悲しみを抱える者として、美希は倉木に言葉をかける。一方津城は、警察幹部たちを集め会食を開いていた。室井の処分について話し合う幹部たちに対し津城は、爆発事件の裏にある大きな陰謀について告げる。夜。倉木と部屋で２人きりになった室井は、千尋とのことを話し始める。自分の知らない室井と千尋のやりとりを知り、感情を抑えきれない倉木。そこに突然、警報が鳴り響き…。

サルドニア共和国大統領の来日の日がやってきた。警護を指揮するのは、裏で大統領の暗殺を狙う公安部の室井（生瀬勝久）だ。室井は警備計画の変更に左右されない場所で爆弾テロを起こす…そう睨む倉木（西島秀俊）たち。しかし津城（小日向文世）は室井の策略で公安に拘束され、動くことが出来ない。捜査第一課課長・村瀬（鶴見辰吾）を説得した大杉（香川照之）は、捜査一課の面々を引き連れ、大統領の到着する空港へ急行する。まだ室井に撃たれた傷が治っていない美希（真木よう子）や倉木も、それぞれ公安の監視を振り切って空港へたどり着く。そして大勢の利用客で溢れる空港の中には、百舌・新谷宏美（池松壮亮）の姿もあった…。大統領一家を乗せた旅客機が滑走路に降り立ち、空港では盛大な歓迎レセプションが始まる。倉木は離れた場所から、捜査員たちと警護にあたる室井を監視する。室井が単独で動き出せば、爆弾を起動させに行く可能性が高い。倉木は爆弾の捜索を大杉に任せて室井を尾行するが、その背後に室井の命を受けた公安部の村西（阿部力）が迫り…。一方、大杉は鳴宮（伊藤淳史）の協力を得て、爆弾が発している電波を探す。鳴宮が見つけた不審な電波…その先では、美希がある人物と対峙していた…。