Dr.ワイリーがロボットを引き連れ空港に現れたが、あいにくロックマンは怪我をしてしまう。ライト博士がロックマンを研究所につれて帰っての手術中に、ロックマンの記憶回路からロックマン誕生の秘密が明らかになる。

Dr.ワイリーが強力なコンピュータをつかって、町中の電気を牛耳った。Dr.ワイリーをニューヨークの皇帝になんか絶対にさせるものか。

大変だ！Dr.ワイリーがロックマンの頭にマインドコントーロール装置を埋め込んだ。Dr.ワイリーの思いのままに動くロックマンが暴れ出す。目を覚ますんだロックマン！

Dr.ワイリーが何処でも思いのままに地震が起こせるマシーンを完成させ、ニューヨークの街を襲う。Dr.ワイリーのたくらみを潰そうとするロックマンだが、カットマンとガッツマンによってロックマンに埋め込められたマイクロチップで、ロックマンの行動がDr.ワイリーに筒抜け。どうするロックマン。

恐竜公園でロックマンたちとDr.ワイリーたちが激突！しかし味方の口ボットたちはDr.ワイリーの放ったレトロロボウイルスに感染してしまう。ロックマン大ピンチ！ ’

スペースシャトルがDr.ワイリーたちにハイジャックされてしまう。ロックマンも後を追い、宇宙へ飛び立つ。宇宙飛行士たちを助け出せ！

Dr.ワイリーの今度のターゲットは海底にある採鉱コンビナートだ。スーパー鉱石を使って無敵の口ボットを作ろうと企む。ロックマンたちはDr.ワイリーの罠にはまってピンチ！

Dr.ワイリーたちが今度は博物館に攻めてきた。ロックマンたちは怪光線を浴び、小さくなってしまう。Dr.ワイリーは光線を使って都市を小さくし、悪人たちに売って大もうけしようと企む。どうするロックマン？

ライト博士とロックマンがガッツマンとカットマンにジュネーブで遭遇。Dr.ワイリーの罠によりロックマンとスネークマンのボディーが入れ替わってしまう。ロックマン、自分のボディーを取り戻すんだ！

アイスマンとエアーマンが液体窒素工場を攻撃。Dr.ワイリーは世界中の大都市を凍らして乗っ取ってしまうつもりだ。ゆるせない！

奇妙な口ックバンド「コールドスティール」が奏でる音楽はまるで催眠術のよう。実はこのバンド、Dr.ワイリーの手下だった！Dr.ワイリーは人々を操り、シャスタ山の上に巨大アンテナを作らせる。Dr.ワイリーはそこから催眠音楽を流し、世界中の人間を操るつもりだ。ロックマン、どうする？

ライト博士がタイムマシンを開発。ロックマンはライト博士が未来へいってしまったと勘違い。ロックマンは30 年後の未来へ旅立つ。しかし、そこではDr.ワイリーが支配する恐ろしい世界が待っていた！

南太平洋にある島で火山により石化した原人が、Dr.ワイリーの開発したマシンによりよみがえる。Dr.ワイリーはロックマンたちを罠にはめようと試みるが失敗。Dr.ワイリーたちとロックマンたちは島に閉じ込められてしまう。島を脱出するために、ロックマンたちとDr.ワイリーたちは協力して原人たちと戦わなければならない。