異世界の生物との追跡劇のすえ、ニューヨークの老練な刑事は、地球上に潜む地球外生命体の活動をひそかに監視し統制する秘密組織「メン・イン・ブラック」にスカウトされる。エージェントJと改名し、冷静沈着なベテラン、エージェントKと組まされた彼は、巨大な銀河のゴキブリが二人の大使を暗殺し星間戦争を引き起こそうと地球に降り立ったことで、命がけの陰謀へと放り込まれる。バリー・ソネンフェルドがSFとアクションとコメディを抗いがたい機知で混ぜ合わせ、奇怪な生物たちと、凸凹コンビの弾けるような掛け合いを見せつける。