1947年のロズウェル事件を皮切りに、国家は極秘に地球外生命体と交信し、軍事的に利用する計画を進行していた。そして現在、地球外生命体と人間の混合種“アルファコード”が誕生。彼らが持つ特殊能力は、人類の存亡を揺るがす超常的な力だった。ある日、チェコで暮らすマーティンの娘が失踪する。“アルファコード”を生む対象者に選ばれたのだ。マーティンは、地球外生命体の存在を知る謎の女性ジョアナにたどり着き、ともに娘が囚われている収容所を目指す。一方、混合種の能力をコントロールできなくなった国家は、侵略を恐れ地球外生命体の一掃に動き出す。そして、戦いの火蓋は切って落とされた！