Il livello dei mari di tutto il mondo si sta alzando molto rapidamente e la Fondazione per le Ricerche Oceaniche non riesce a trovare alcuna spiegazione al fenomeno. Se non si interverrà rapidamente la catastrofe sarà inimmaginabile, ma gli scienziati non sanno da che parte incominciare per arginare il disastro, finché non giunge una comunicazione da Mr. Schubert. E' lui che causa l'innalzamento delle acque, grazie a un apparecchio a microonde che sta sciogliendo le calotte polari. E' disposto a fermarsi solo in cambio di Mark Harris. Esige che l'uomo di Atlantide lo raggiunga nel suo laboratorio per poterlo studiare a fondo...

L'ultima folle invenzione di Mr. Schubert sta creando dei problemi. Si tratta di un robot molto sofisticato, programmato per raccogliere minerali sul fondo marino, ma il sistema di sicurezza si è attivato in modo anomalo e attacca qualunque cosa gli si avvicini. Con la mancanza di scrupoli che gli è propria, Mr. Schubert non esita a chiedere aiuto alla Fondazione per le Ricerche Oceaniche e il Cetaceo parte immediatamente per tentare di fermare la micidiale macchina...

Il Cetaceo viene inviato a investigare su un black-out che ha colpito una vasta zona e Mark scopre in una caverna sottomarina le tracce di un'antica civiltà. In una nicchia si trova la statuetta di uno sparviero capace di liberare una forte energia. E' studiando la statua che Mr. Schubert ha provocato la mancanza di corrente e ora Elizabeth e Mark si rendono conto che nelle mani del folle scienziato potrebbe diventare un'arma micidiale. Non hanno tenuto conto però che Schubert è disposto a tutto pur di impadronirsi dello sparviero di pietra, anche a usare sua figlia Juliette per conquistare la fiducia di Mark...

L'acqua dell'oceano sta defluendo da una falla sul fondo. Mark sta cercando di scoprirne l'origine, quando scorge un uomo privo di sensi poco distante dalla voragine. Portato a bordo del Cetaceo, l'uomo viene curato e quando riprende i sensi si presenta come Jack Muldoon, di professione avventuriero. Muldoon ammette di essere stato dall'altra parte della falla e accetta di accompagnare Mark, ma non gli rivela che si troveranno in una terra in cui un gigante usa l'acqua rubata agli oceani terrestri per la sua miniera d'oro. Una volta sul posto, Muldoon ruba alcune pepite e si allontana, lasciando a Mark il compito di vedersela con il gigante...

Con i suoi folli esperimenti, Mr. Schubert si è indebitato fino al collo e per tornare al suo costoso stile di vita, è costretto a inventarsi qualcosa per raggranellare un milione di dollari. Manipola geneticamente una medusa, rendendola gigantesca, cattiva, vorace e carnivora e minaccia di liberarla durante una gara internazionale organizzata proprio da C.W. Crawford. Ma Mr. Schubert non ha considerato che l'uomo di Atlantide può contare sull'aiuto di molte creature marine...

Mentre si trova a bordo del Cetaceo, Mark Harris prova una violenta e dolorosa fitta alla spalla sinistra. L'uomo di Atlantide sente di dover raggiungere la terraferma per capire cosa gli sia successo e a nulla valgono le preoccupazioni della dottoressa Merrill che non vorrebbe lasciarlo andare. L'istinto di Mark lo guida in una cittadina del selvaggio west, dove si ritrova faccia a faccia con qualcuno che potrebbe essere il suo gemello. L'uomo si chiama Billy Jones ed è un pistolero al soldo di Clint Hollister. Purtroppo non può aiutare Mark Harris nella ricerca delle sue origini perché non ricorda nulla della sua infanzia, solo che aveva le mani palmate, ma si è fatto operare perché lo ostacolavano nel maneggiare la pistola...

Questa volta Mr. Schubert vuole disturbare le comunicazioni di tutto il mondo, ma per realizzare il suo progetto necessita dell'energia sprigionata da particolari cristalli che si trovano sul fondo dell'oceano. Purtroppo per lui, i cristalli sono protetti da un campo di forza che forma una cupola impenetrabile e ancora una volta pensa di ricorrere all'aiuto inconsapevole della Fondazione per le Ricerche Oceaniche e in particolare dell'uomo di Atlantide. Crea quindi una violenta tempesta magnetica e il Cetaceo giunge nei pressi della cupola per indagare. Mark riesce a penetrare il campo di forza e scopre al suo interno un popolo che vuole essere lasciato in pace. Ma Mr. Schubert l'ha seguito...

Rimasto sepolto in una breccia sul fondo dell'oceano da una frana di rocce, Mark Harris si risveglia nella piazza di una città italiana del cinquecento. Viene soccorso da un uomo con un inconsueto abbigliamento che si presenta come Romeo Montecchi. Mark ispira fiducia al giovane, che gli racconta la sua triste storia: è perdutamente innamorato di Giulietta Capuleti, ma il loro amore è senza speranza perché una faida divide le loro due famiglie da anni. Mark è commosso dalla profondità dei sentimenti di Romeo e vuole fare qualcosa per aiutare i due giovani a coronare il loro sogno d'amore...

Dopo avere bevuto per errore alcune gocce di un preparato sperimentale che Mark e la dottoressa Merrill stavano distillando, C.W. Crawford inizia a sentirsi poco bene. Non soltanto il suo aspetto esteriore cambia, ma anche il suo comportamento e, da gentile e rispettoso che era, diventa prepotente e disonesto. Raggiunto un locale malfamato nel centro città, incontra Lew, un gangster, e gli propone l'acquisto dei dati segretissimi di una sonda sottomarina del governo appena recuperata dal Cetaceo...

Alcuni cilindri contenenti materiale molto pericoloso sono stati gettati in una profonda fossa nell'oceano, ma uno di questi contenitori è stato visto in mano a un nativo di una piccola isola. Indagando su questo strano avvenimento, Mark Harris si ritrova faccia a faccia con Jack Muldoon, che è riuscito a tornare nel nostro mondo grazie a un mostro. Muldoon usa la creatura, che in realtà è docile e giocherellona come un cucciolo, per intimorire gli indigeni e farsi adorare come un dio. Una divinità che esige tributi di perle giganti e non disdegna il sacrificio di giovani e avvenenti vergini con cui dividere la sua confortevole grotta...

La normale routine di lavoro in una base sottomarina viene sconvolta dall'arrivo di uno strano individuo, il cui solo scopo sembra quello di giocare e divertirsi. Il buffo ometto che dice di chiamarsi Moby, può contagiare gli esseri umani con un semplice tocco e coinvolge negli scherzi tutto l'equipaggio. Convince tre uomini che uscire dalla stazione per nuotare potrebbe essere divertente, mandandoli incontro a morte sicura. Quando alla Fondazione per le Ricerche Oceaniche si rendono conto che sta accadendo qualcosa di strano nella base sottomarina, Elizabeth Merrill e Mark Harris partono per investigare. Trovano un solo superstite, Duke, che ride e si comporta come un bambino di quattro anni. L'uomo viene portato nell'infermeria del Cetaceo, senza che nessuno si accorga che di nascosto è salito a bordo anche l'imprevedibile Moby...

Tutti sanno che il canto melodioso delle sirene può affascinare, fino a condurre alla follia gli esseri umani. Il capitano di un sottomarino dopo avere catturato una giovane sirena, decide di usarla per realizzare un piano criminale. La costringe a cantare e amplifica la melodia nell'acqua, riuscendo così a stordire Hugh Trevanian che si trovava a bordo di una barca con la figlia. Trevanian è colui che realizzò il sistema difensivo degli Stati Uniti e il moderno pirata ha intenzione di impadronirsi di tutte le sue conoscenze grazie al canto della sirena, per poi rivenderle al migliore offerente...

Su richiesta di Washington, Mark Harris si fa assumere da un luna-park itinerante. Pare che Moxie il nano e Summersday, l'uomo elettrico, stiano cercando un bravo nuotatore per realizzare un furto in una banca. Il giorno dopo essere stato assunto dal circo come l'incredibile Uomo di Atlantide, Mark viene avvicinato da Moxie. Dopo una finta ritrosia, Mark accetta di essere complice del piano criminoso, ma non riesce ad avvertire C.W. Crawford che il bersaglio non è più una banca, ma un museo ...