Jack Bauer è un agente del CTU (Unità Speciale Antiterrorismo) di Los Angeles che si occupa di sventare qualunque minaccia terroristica contro il paese, e questa volta dovrà affrontare un presunto attacco contro il senatore David Palmer, candidato come presidente degli USA. Nel frattempo una giovane ragazza di nome Mindy, salita su un aereo dalla Germania, cerca di sedurre un certo fotografo pronto ad incontrare il senatore Palmer, Martin Belkin, la ragazza però si rivela essere molto più pericolosa facendo saltare l'aereo per poi atterrare nel deserto e scoprire i suoi contatti, e, mentre il senatore Palmer scopre che una giornalista è pronta a rendere pubbliche alcune notizie scandalose riguardanti la sua famiglia, la figlia di Jack e Teri, Kim, esce di nascosto con una sua amica, Janet, per incontrare due ragazzi in un centro commerciale, dando non pochi problemi sia a Jack e Teri ed al padre di Janet che nel frattempo avrà contattato Teri per notizie di sua figlia, anche se alla fine si scoprirà una trappola messa in scena dai ragazzi per rapire la figlia di Jack.

Dopo che Mandy, atterrata col paracadute dopo aver fatto esplodere l'aereo sul deserto di mojave, sotterra la carta d'identità di Martin Balkin, Richard Walsh riceve una carta magnetica contenente informazioni su un presunto contatto del CTU collegato all'attentato a David Palmer, però sul luogo la situazione si fa difficile e chiama Jack, che una volta arrivato al palazzo lo aiuta a scappare anche se morirà poco dopo colpito da un proiettile. Nel frattempo mentre che Kim scopre che Janet è stata drogata e capisce le vere intenzioni dei due ragazzi, Bridgit, la compagna di Mandy, ricatta Gaines, che ha organizzato l'attentato, chiedendogli il doppio dei soldi in cambio della carta d'identità del fotografo. Jack dopo esser scappato dall'edificio riesce ad ottenere un'impronta da un dito mutilato da uno degli assalitori per cercare l'identità, scoprendo inoltre che la scheda magnetica appartiene proprio a Nina Mayers aumentando così i sospetti di una presunta talpa all'interno del CTU.

Gaines, Mandy e Brigidt non riescono ad accordarsi sul prezzo di vendita del documento sottratto a Belkin. Mandy si accontenterebbe di un milione di dollari, ma la sua amante vuole il doppio. Lo stesso Gaines chiama Dan, all'aerodromo, per avere informazioni sulla figlia di Bauer Gaines dice al ragazzo che lo incontrerà più tardi, a causa di un "contrattempo". Rick, a differenza di Dan, è preoccupato per le ragazze. Jack torna al CTU, dove cerca di non farsi vedere da Nina; con il cellulare la chiama e le chiede portare la lista dei passeggeri del volo precipitato nel suo ufficio e di aspettarlo lì, facendola quindi allontanare dalla sua postazione. Mentre Nina si allontana, Jack chiede a Jamey di verificare se i dati contenuti nella keycard siano effettivamente stati creati da Nina.

Al CTU Jack cerca di spiegare a Nina cosa è successo con Walsh e perchè ha dubitato di lei. Jamey e Nina riescono ad estrarre alcuni dati dalla keycard, tra cui un indirizzo di Los Angeles. Jack decide di verificare questo indirizzo da solo. Nel frattempo, l'accesso ai dati dei computer del CTU viene bloccato. Si è in pieno Lockdown, ovvero blocco totale del sistema. George Mason, incaricato della Divisione appena arrivato al CTU (su richiesta di Tony) nonchè superiore di Jack, deve verificare l'idoneità e la sicurezza della struttura, e pertanto nessuna informazione o persona può uscire dal CTU fino a nuovo ordine.

Al St. Mark's Hospital, un'equipe chirurgica sta per operare Janet York. Jack, che sta seguendo l'auto della polizia con il prigioniero a bordo, identificato dalla polizia come Penticoff, chiama Teri, con la quale si è sempre tenuto in contatto telefonico durante le ore trascorse. Teri spiega di aver trovato Janet al St. Mark's Hospital, ma di non aver alcuna traccia di Kim. Scoppiando a piangere, Teri chiede a Jack di raggiungerla in ospedale il prima possibile. Jack vorrebbe parlare con Janet per cercare di scoprire dove si trovi Kim, e aggiunge che raggiungerà la moglie appena possibile. Gaines prende in consegna Kim e chiede a Dan e Rick di raggiungerlo al luogo stabilito per la ricompensa.

I medici riescono a rianimare Janet. Jack chiama Teri e le dice di non far avvicinare nessuno a Janet, che è l'unica testimone di quanto successo a Kim, e in quanto tale potrebbe essere in pericolo. Jack consegna il cadavere a Nina al CTU, dopodichè sale su un elicottero, chiamato in precedenza, per raggiungere il St. Mark's Hospital. Kim è detenuta in una sorta di fattoria, recintata con rete metallica e filo spinato e sorvegliata da guardie armate. Palmer si incontra con Carl e lo costringe a dire la verità sugli avvenimenti riguardanti Gibson. Carl dice che la notte dello stupro di Nicole, Keith ha ucciso Gibson e Carl ha coperto le tracce per evitare uno scandalo ai danni del senatore. Prima di uscire dalla stanza Carl informa Palmer che sua moglie Sherry è al corrente di tutto.

Gaines dice al sosia di Belkin di sbrigarsi, altrimenti farà tardi: all'appuntamento con Palmer manca solamente un'ora. Jack, che si sta recando al CTU, scopre di essere seguito da un'auto con a bordo due uomini di Gaines. Gaines dice a Jack di aver lasciato qualcosa per lui in auto: si tratta di un'altra keycard, identica a quella consegnata da Walsh. Milo, tecnico informatico del CTU, crede di aver trovato nella keycard originale l'identità dell'assassino inviato per uccidere Palmer. Alla fattoria, Kim chiede a Rick di aiutarla a fuggire. Arrivato al CTU, Jack entra in ufficio cercando di avere un comportamento normale. Gaines, che riesce a vederlo attraverso le telecamere del CTU, gli dice di scambiare le due keycard. Nina ferma Jack e gli chiede se Teri gli ha riferito il messaggio in merito all'identità del cadavere ritrovato nel bagagliaio: Alan York. Jack capisce quindi che anche sua moglie è in pericolo.

Il sosia di Martin Belkin raggiunge la centrale elettrica dove Palmer terrà il discorso durante il quale, fra le altre cose, parlerà anche degli avvenimenti relativi a Gibson. Lungo il suo tragitto in auto, Jack si ferma, su ordine di Gaines. Un uomo gli si avvicina e gli consegna una valigetta. Gaines dice a Jack di dirigersi verso la centrale elettrica dove Palmer sta per fare la sua apparizione. Teri viene portata da Kim. Gaines contatta via computer Jamey, al CTU. Gaines le dice che Nina è morta e che deve inventarsi una storia per non far sospettare niente a nessuno. Nina, raggiunta una rimessa, contatta telefonicamente Tony al CTU e chiede di parlare con Jamey.

Alla centrale elettrica, il Senatore viene portato via dai servizi di sicurezza. Kim e Teri vengono riportate nel fienile. Jack, catturato dai servizi segreti, viene interrogato da Frank Simes: spiega di aver cercato di prendere l'arma dell'agente per far evacuare Palmer, che stava per essere ucciso da un cecchino e che, essendo ancora vivo, è sempre in pericolo. Simes non si fida di Jack e lo tiene in custodia. Tony e Nina continuano ad interrogare Jamey, che svela il nome di Gaines. La donna dice di aver ricevuto 300.000 dollari da Gaines in cambio dell'accesso ai monitor della sorveglianza del CTU. Jamey si offre di "oscurare" la sorveglianza a Gaines e, in questo modo, Gaines non vede più cosa accade al CTU.

Jamey viene portata via da un'equipe di medici. Jack chiama il CTU e chiede a Nina di aiutarlo ad evitare i posti di blocco piazzati dalla polizia, che lo sta sempre cercando. Teri riesce a chiamare il CTU e a parlare con Nina. Nina sta per passargli Jack, ma Teri deve smettere di parlare quando Eli torna nel fienile per cercare il suo cellulare. La linea telefonica è sempre aperta perchè Teri non ha riattaccato: in questo modo il CTU inizia a rintracciare la chiamata per localizzare Teri e Kim. Palmer e sua moglie arrivano in una scuola elementare, dove il senatore deve tenere un discorso. Sherry non vuole che Palmer riveli la notizia della colpevolezza di Keith ed ancora una volta cerca di far cambiare idea a suo marito. Nel PC di Jamey, Tony trova un'E-mail criptata, che ha come oggetto il nome "Ted Cofell". Milo viene incaricato di decifrare il testo dell'E-mail. Nel frattempo, Jamey, in ospedale, muore.

Mentre in auto con il suo autista (= Jack), Cofell riceve una chiamata e cambia i suoi programmi: dice all'autista di portarlo in un garage, dove si incontrerà con un uomo. E' a questo punto che Cofell si accorge che Jack è alla guida della sua limousine. Jack blocca le portiere del veicolo e porta Cofell in un'aera isolata, minacciandolo con la sua pistola. Jack gli chiede dove si trovano sua moglie e sua figlia. Cofell dice di non sapere nulla. Jack chiama allora Nina e le chiede di trovare informazioni su Cofell, per riuscire a farlo confessare. Nina dice a Jack che Cofell ha paura del dolore e che soffre di cuore. Jack allora inizia ad interrogare Cofell , strapazzandolo un po'. Mr. Drazen raggiunge Gaines al "campo di prigionia" e gli dice che entro 30 minuti vuole avere Bauer. Palmer chiama Carl e gli dice di aver saputo delle sue intenzioni di uccidere Ferragamo.

Nina chiama Jack, che le dice di essere quasi arrivato da Kim e Teri. Jack chiede a Nina foto satellitari del luogo, per scoprire cosa si troverà davanti, e di inviargliele sul suo GPS. Jack dice inoltre che contatterà il CTU una volta raggiunte Teri e Kim. Jack e Kevin arrivano alla fattoria. Prima di entrare, Jack riceve sul suo GPS le immagini satellitari. Ci sono una dozzina di persone. Jack libera Kevin e gli fa guidare l'auto per non far insospettire le guardie all'ingresso: Jack si nasconde sui sedili posteriori. Kevin lo guiderà attraverso l'ingresso all'area. Kevin e Jack riescono a superare le guardie all'ingresso della fattoria. Raggiunta un'area isolata, Jack stordisce Kevin e lo abbandona sull'auto. Poi parte alla ricerca di Teri e Kim. Gaines chiede a Rick di rintracciare Eli, che non è ancora tornato dal fienile.

Jack e Rick continuano la loro fuga attraverso il bosco che circonda la fattoria. Gli uomini di Gaines sono sempre sulle loro tracce. Teri e Kim devono raggiungere il serbatoio d'acqua in cima alla collina, ma anche loro sono braccate dagli uomini di Gaines. Nina, al CTU, è preoccupata perchè ancora non ha avuto notizie da Jack. Jack e Rick arrivano per primi al serbatoio d'acqua. Jack aiuta il ragazzo e lo sistema all'interno del serbatoio. Poi parte ala ricerca di Kim e Teri, che non riescono ad orientarsi nemmeno con il GPS. Palmer vuole denunciare l'omicidio di Ferragamo alla polizia ed uscire allo scoperto con la storia di suo figlio, nonostante i pareri contrari del suo consigliere Mike Novick e di sua moglie Sherry, che gli chiede di aspettare fino al momento in cui sarà Presidente. Jack chiama il CTU e riferisce che sta per uscire dal serbatoio, dove lascia Rick, per cercare Teri e Kim.

Jack e la sua famiglia arrivano in elicottero al CTU, dove li aspettano Alberta Green, Nina ed altre persone. C'è un ambulanza che aspetta le due donne per portarle in ospedale, per esaminarle. Jack ringrazia Nina per l'aiuto fornito, e, dal modo in cui Nina guarda Jack, Teri capisce che tra i due c'è qualcosa. Jack resta al CTU per fare rapporto, o almeno è quello che dice a sua moglie e a sua figlia; in realtà Jack è in arresto per aver violato diversi protocolli di procedura del CTU e la legge. Jack fa il suo ingresso al CTU, e tutti lo guardano con ammirazione (o disprezzo?). Jack chiede a Nina di vegliare su Teri e Kim all'ospedale. Jack viene portato in una sala per interrogatori.

Al CTU, Tony, su ordini di Chapelle, cerca di ritardare il più possibile l'incontro tra Jack e il senatore. Milo ha scoperto l'identità di uno dei tre cecchini: Alexis Drazen. Jack chiede nuovamente di parlare con Teri e Kim. Alberta gli dice che sono state trasferite. Jack non gradisce il fatto di essere stato tenuto all'oscuro di questo e chiede di parlare con Chapelle, cacciando praticamente Alberta dalla stanza. Spazientito, Palmer chiama uno dei suoi contatti per velocizzare il suo incontro con Jack Bauer, dato che Chapelle sta facendo di tutto per non far incontrare i due. La chiamata del Senatore ha il suo effetto e, in breve tempo, Chapelle chiede a Tony di chiamare Jack affinchè li raggiunga. Palmer chiede a Chapelle che durante il suo colloquio con Jack le telecamere vengano oscurate. Tony chiede a Jack di andare in sala riunioni, ma non gli dice che Palmer lo sta aspettando.

Il cadavere di Ellis viene steso per terra nel bagno del bar di New Orleans. Jack, dall'altro capo del telefono, capisce che Ellis è stato ucciso. Nella stanza in cui si trova Jack entra Milo, che gli porta le foto dei tre probabili cecchini, tra cui Alexis Drazen, figlio di Victor. Jack ringrazia Milo per il lavoro svolto. Elizabeth chiama Alexis e gli dice che il Senatore ha cambiato i suoi piani e che quindi possono vedersi in hotel per un altro po'. Jack chiama Teri alla casa sicura e le chiede se tutto è OK: crede di aver capito dal tono di voce di Teri qualche minuto prima che qualcosa non va. Teri dice di essere solo scossa per tutto quello che è accaduto.

Teri viene accompagnata dall'automobilista in ospedale; durante il tragitto, la donna nota che Teri porta la fede e le fa qualche domanda, ma Teri non si ricorda di avere un marito. Jack, con Elizabeth Nash, Nina ed una squadra del CTU, arriva all'hotel dove la donna deve incontrarsi con Alexis Drazen. Si tratta dello stesso hotel in cui Palmer ha stabilito, con il suo staff, il suo quartier generale per la campagna elettorale. Lungo il tragitto in auto verso l'ospedale, Teri riconosce un ristorante e chiede di essere lasciata là, sperando di ricordare qualcosa del suo passato e della sua identità. Kim, da un telefono pubblico, chiama il CTU e chiede di parlare con suo padre.

All'hotel, in seguito alla telefonata dell'uomo misterioso, Jack chiede ai suoi uomini di cercare nella stanza di Drazen i soldi con i quali Alexis avrebbe dovuto pagare l'uomo. Una volta trovati, Jack e Nina si dirigono verso il luogo dell'incontro. Tony riferisce a Mason che i due agenti lasciati di guardia alla casa sicura sono stati uccisi e che non c'è traccia delle due donne. Mason ordina a Tony di non dire nulla a Jack in merito, in quanto ciò lo distrarrebbe dal suo compito primario, incontrarsi con l'uomo misterioso. Kim nel frattempo, a casa di Rick, cerca qualche indizio nella camera di Dan che possa portarla da sua madre. Rick le da una mano, nonostante Melanie, la sua ragazza, non si fidi di Kim. Dai discorsi di Melanie si capisce che la ragazza non è a conoscenza della morte di Dan. Inoltre, a breve Frank, fratello del ragazzo morto, arriverà a casa. Rick prega Kim di non dire nulla della morte di Dan.

Teri e Parslow entrano in casa Bauer: scatta l'allarme e Teri non si ricorda il codice per disinserirlo. Il terzo agente dell'FBI li osserva dal giardino. Jack chiede a Nina di verificare dove si trova l'area in cui Drazen voleva che fosse tolta la corrente. A casa Bauer arrivano gli agenti della compagnia di assicurazione che ha installato l'allarme. Teri nel frattempo osserva le foto nel salotto, che ritraggono lei, Jack e Kim. Palmer chiama Jack e gli comunica che i suoi uomini sono riusciti a ricostruire parte delle informazioni mancanti dal dossier segreto di Drazen; tra queste informazioni spicca un indirizzo di Saugus, che apparentemente non è connesso in modo evidente a Drazen.

Jack e Mason continuano a cercare nel parco naturale di Saugus, sempre alla ricerca del punto in cui Alexis ha pagato per far togliere la corrente, ma senza risultati. Stanco di cercare, Mason decide di tornare in città per interrogare Alexis Drazen, che si è risvegliato in ospedale dopo essere stato assalito da Elizabeth. Tony fa uscire Teri e Parslow dalla casa, mentre la donna si ricorda dell'accaduto e piange la morta della figlia, vista precipitare dal crepaccio in un auto. Tony la rassicura dicendole che Kim si è salvata e che sta bene.

Palmer vince le elezioni in California e gli elettori sembrano aver apprezzato la sua onestà nel rivelare di suo figlio Keith; Kim è in cella con Melanie. Al CTU, Nina e Mason ricevono una telefonata da Jack, che dice loro che alla prigione qualcuno sta per irrompere e liberare Victor Drazen. Jack chiede a Mason di inviare una squadra d'assalto di rinforzo, dopodiché riattacca. Mason acconsente e invia la squadra. Tony arriva al CTU con Teri. Nina spiega alla donna che Jack non è al CTU perché sta indagando. Alla prigione, Drazen viene tenuto sotto tiro da Jack e i suoi uomini.

Palmer entra nel salone dove il suo team sta festeggiando per i risultati ottenuti in California. Il senatore scambia parole amichevoli con il suo staff. Jack chiama Nina dal furgone sul quale si trova con i Drazen. Le dice di chiamare Alexis, che si trova in ospedale, al telefono e di passarglielo. Alexis e suo padre Victor riescono in questo modo a parlarsi. Victor dice poi al CTU che è disposto a barattare la vita di Jack in cambio di quella di suo figlio. Al party, Sherry dice a Patty di tenere compagnia a suo marito durante l’imminente trasferta del senatore, dato che lei non potrà essere con lui per altri motivi.

Jack chiama il CTU, dicendo di essere stato liberato da Drazen e che non può dire altro, per non mettere in pericolo Kim. Mason e Nina capiscono che l’unica ragione per cui Drazen lascerebbe libero Jack è perché questi compia la missione: uccidere Palmer. Mason chiama quindi di servizi segreti e chiede che la vigilanza su Palmer venga aumentata. Palmer parla con Patty e le chiede di incontrarlo nella sua stanza dopo 20 minuti. Victor e Andrè raggiungono Alexis, che però muore dopo pochi istanti.

Jack è arrivato al porto dove lo aspettano i Drazen e chiama il CTU, dove risponde Nina. Jack le chiede se sanno dove Kim possa essere, Nina, mentendo, gli dice che i terroristi l'hanno uccisa e che la guardia costiera ha ritrovato il suo cadavere in acqua. Nina spera così di far così infuriare Jack in modo che questo vada all'appuntamento con i Drazen profondamente scosso e facilmente possibile da uccidere. Al contrario però, Jack è ancora più determinato a trovare e uccidere Victor Drazen e suo figlio Andre. Dopo aver rubato un furgone Jack sfonda il capannone dove i terroristi lo aspettavano e, dopo una lunga sparatoria, Jack riesce ad uccidere tutti quanti i Drazen e i loro soci. Scopre poco dopo però che sua figlia non è mai stata ritrovata dalla guardia costiera, capisce quindi che Nina è la talpa che stava cercando da diverse ore. Nel frattempo David Palmer scopre che sua moglie Sherry ha dichiarato alla stampa che nessuno è in realtà morto nell'esplosione all'hotel, facendo così infuriare David. Questo capisce che Sherry non è più la donna che amava un tempo e le dice addio, facendola scortare dall'FBI a Washington, e promettendole una futura separazione. Al CTU intanto Mason riceve una telefonata di Jack e, dopo aver saputo che Nina è la talpa, proclama l'isolamento generale. Nessuno può entrare e nessuno può uscire. Nina si nasconde così nella sala computer, tenendo Teri in ostaggio dopo che questa ha visto Nina uccidere una donna delle pulizie. Prima di scappare Nina carica la sua pistola e deve decidere se uccidere o meno Teri. Jack arriva poco dopo al CTU, giusto in tempo per trovare Nina nel parcheggio, dopo che questa era uscita dal palazzo uccidendo tutte le guardie. Nina viene arrestata dopo che la sua auto si è scontrata con un palo del parcheggio. Nell'ultima scena Jack ritrova sua figlia Kim che è appena ritornata al CTU e corre a cercare Teri, ma scopre che Nina l'ha uccisa. L'episodio si conclude con Jack che piange per la sua terribile scoperta.