Le professeur Chassard souhaite faire découvrir au monde sa trouvaille. Il a en effet découvert des traces de vie de petites créatures qu'il nomme les Minipouss. Il possède un camion avec toute une technologie avancée pour les découvrir. Il se rend chez Éric Legrand, un jeune adolescent qui est le seul humain ami avec deux Minipouss, Tom et Lucie. Alors qu'il prétexte chercher des souris échappées du labo, le professeur Chassard utilise un aspirateur et capture Tom et Lucie. Éric aidé de Gran'Pa Mini et Charlie Mini décident de sauver les deux jeunes Minipouss...

En faisant des fouilles, les parents d'Éric Legrand ont découvert une petite statuette. Fascination pour le professeur Chassard qui pense découvrir là un des secrets des Minipouss ; inquiétude pour les Minipouss qui découvrent que la statuette est celle d'Arthur, le fondateur de la cité perdue. La statuette se trouvant au musée de la ville, le professeur s'y rend afin de la subtiliser. Entre-temps, les Minipouss ont pu copier les inscriptions sur le socle. En traduisant le texte, chacun des partis découvre qu'à la pleine lune, la statuette émettra un son, les Minipouss seront tous hypnotisés par celui-ci et se rendront à la cité perdue. Aidé d'Éric, Gran'Pa, Charlie et Lucie vont tenter d'empêcher le professeur Chassard d'arriver à ses fins...

Éric souhaite faire parti du club des "Bécanes de Feu". Pour cela, il doit dévaler en vélo et sans freiner l'immense descente de Granville. Ayant échoué, Bruno le chef du club décide de lui laisser une autre chance en lui accordant une autre épreuve, celle de rester une nuit dans la maison abandonnée à côté du cimetière. Bruno a une idée en tête : faire peur à Éric car il ne souhaite pas le voir dans ses rangs. Tom et Lucie qui ont entendu la conversation se rendent avec Gran'Pa et Charlie dans la maison pour avertir Éric. Finalement, le piège contre Éric se retourne sur les trois jeunes du club...

Les Minipouss ont décidé de faire un film. Après un tirage à pile ou face, c'est Lucie qui gagne et propose de faire une comédie musicale, celle du Magicien d'Oz. Mais Tom n'est pas ravi de ce choix. Une fois la séquence en boîte, Gran'Pa demande à Tom de remettre le film à Éric afin qu'il le développe. Jaloux, Tom jette le film qui est retrouvé par l'assistant du professeur Chassard. Les Minipouss tentent d'empêcher Chassard de découvrir leur secret. Plus de peur que de mal, la pellicule du fil étant voilée...

Une vieille dame va devoir déménager de sa maison, son propriétaire voulant vendre l'habitation. Ce dernier découvre que le défunt mari de la vieille dame a caché 100 000 francs sous le pied gauche, mais le reste de la page est déchirée et il ne sait pas où se trouve ce trésor. Les Minipouss eux aussi apprennent l'existence de ce trésor et tente d'aider la vieille dame. Finalement, ayant mis la main sur le papier manquant, ils parviennent à découvrir la mystérieuse boîte à chaussures contenant les billets de banque. La vieille dame remercie chaleureusement ses nouveaux amis qu'elle appelle "les esprits de la nuit", la vieille dame étant non voyante...

Charlie a répondu a un concours pour gagner un cyclone, un modèle réduit d'avion à moteur. Il reçoit la réponse et découvre qu'il est le grand gagnant. Il décide d'aller le chercher malgré conseils de Gran'Pa. Ayant découvert qu'il est parti pour la ville, Tom, Lucie et Gran'Pa avertissent Éric afin qu'il les rejoigne pour trouver Charlie et prendre sa place pour récupérer le lot...

Le professeur Chassard vaporise un gaz paralisant dans une bouche d'égoût près du stade. L'alerte est donnée et l'accès interdit. Mais Tom et Lucie décident de franchir l'interdiction et d'entrer dans la zone. Leur mère Hélène les voit, entre dans la zone et respire du gaz, alors que Tom et Lucie s'étaient protégés. L'état de santé de la jeune femme est très préoccupant. Tom et Lucie avertissent Éric qui décide de faire croire qu'il a les mêmes symptômes qu'Hélène et il est conduit à l'hôpital. Le docteur lui fait une prise de sang et Gran'Pa accompagné de Charlie doivent mélanger le sang de la jeune femme à celui d'Éric dans le laboratoire afin que la supercherie ne soit pas découverte. Finalement, au vu des résultats, le docteur fait appel à un spécialiste. Mais la surprise est grande quand ils voient débarquer le professeur Chassard qui est le seul à posséder le contre-poison. Les Minipouss parviennent à dérober la fiole d'antidote pour soigner la mère de Tom et Lucie...

Pendant une nuit d'orage, des rats envahissent la maison d'Éric et mangent toutes la nourriture des Minipouss...

Marie, une jeune fille dont le carnet de note est médiocre, décide de s'enfuir de chez elle, redoutant que son père ne l'envoie en pension. Lucie arrive à se cacher dans la poche de Marie. Les Minipouss, aidés d'Éric, partent à leur recherche...

Les Minipouss tentent d'aider Angela et sa mère qui sont dans une impasse. La mère prend sans arrêt des pillules pour se déconnecter de la réalité...

Les Minipouss s'improvisent scouts et partent camper. Ils assistent à un accident d'avion, le pilote s'éjecte et tombe juste devant eux. Les Minipouss vont lui donner les premiers soins en attendant les secours...

Éric et Marie se perdent dans les mines et tombent sur un chasseur d'or devenu fou à force de convoiter le trésor. Les Minipouss partent au secours de leur ami dans ses tunnels semés d'embûches...

Charlie Mini a un accident d'avion alors qu'il livrait des pizzas. Pendant ce temps, le professeur Chassard capture les Minipouss et crée un zoo pour montrer sa découverte au monde entier...