Le film raconte l'histoire de l'amitié entre trois enfants et plusieurs Yo-kai. L'intrigue se déroule dans le quartier de Sakura Motomachi (Granval), à Tokyo, dans les années 1960. Jules, un jeune garçon, mène une vie modeste mais heureuse auprès de sa mère, son unique famille. À la mort de celle-ci, il se retrouve seul et sombre dans un profond désespoir. C'est alors que Daniel, un garçon ayant perdu sa grande sœur, lui vient en aide. Avec Tae, une jeune fille capable de voir les Yo-kai, ils deviennent rapidement amis. Rejoints par Suu-san, le Nekomata qui veille sur Jules, ainsi que par d'autres Yo-kai. Ensemble, ils forment une nouvelle famille et découvrent que les liens les plus précieux ne sont pas toujours ceux du sang, mais peuvent naître de l'entraide, de l'affection et des épreuves traversées ensemble. Mais leur bonheur est de courte durée. Lorsqu'un mystérieux événement bouleverse leur quotidien, cette nouvelle famille devra préserver les liens qui les unissent.