Enfin libérés de l'illusion de la Matrice, les humains concentrent leur résistance à Zion, la dernière cité réelle sous la surface, désormais menacée par une armée de machines qui creuse sans relâche vers elle avec à peine soixante-douze heures de répit. Neo, de plus en plus conscient de son pouvoir en tant qu'Élu, doit replonger dans le monde simulé avec Morpheus et Trinity pour retrouver le Faiseur de clés, la clé pour atteindre la Source. En chemin, il découvre des vérités troublantes sur l'origine de la prophétie et le rôle véritable de la Matrice. Une suite ambitieuse, chargée de chorégraphies et de philosophie.