Après la mort du roi de Fort Fort Lointain, l'ogre Shrek se découvre héritier du trône, un destin qui l'horrifie car il n'aspire qu'à retrouver la tranquillité de son marais. Apprenant qu'il existe un autre prétendant, le jeune et maladroit Arthur, il part avec l'Âne et le Chat Potté pour le retrouver et le convaincre de régner à sa place. Pendant ce temps, le rancunier Prince Charmant profite de son absence pour ourdir un coup d'État dans le royaume avec une armée de vilains de contes de fées. Ce troisième volet de la saga de DreamWorks conserve l'humour irrévérencieux et les parodies de contes de fées, en y ajoutant une réflexion sur la paternité.