Hija de un funcionario suizo afincado en España y vinculado con el medio cinematográfico, cursa estudios elementales a caballo entre Madrid (en el Colegio San Luis de los Franceses) y Burgos (en el convento de Saldaña). A los dieciocho años decide convertirse en actriz y debuta con un papel secundario en "El sobrino de don Buffalo Bill" de Ramón Barreiro, parcialmente producida por su padre, interpretando al año siguiente su primer papel protagonista en "Vientos de siglos", de Enrique Gómez.

A lo largo de los diez años siguientes, Margarita Andrey ganó una fama considerable y supuso una actriz de cierto peso en el cine español. Especializándose en encarnar papeles de jovencita moderna, alegre y a veces también sentimental, generalmente en nuevos films de Enrique Gómez "La próxima vez que vivamos", "Extraño amanecer", "El verdugo" (1947), "La fiesta sigue", Tiempos felices", "Verónica") y en menor grado de Jerónimo Mihura, hermano del mítico Miguel Mihura ("Siempre vuelven de madrugada", "Despertó su corazón").

En 1955 contrajo matrimonio y se retiró del cine.