Anfang des 18. Jahrhunderts wird ein Chronometer entwickelt, das es ermöglicht, auf hoher See die genaue Position zu bestimmen. Dadurch würde die britische Navy gegenüber anderen Nationen und nicht zuletzt gegenüber den Piraten einen unschätzbaren Vorteil erringen. Der Erfinder soll von Jamaika aus mit dem Schiff nach London reisen, um dort seine Erfindung dem König zu präsentieren. Da man Angriffe von Piraten befürchtet, erhält Thomas Lowe den Auftrag, den Transport zu begleiten. Als das Schiff von Piraten angegriffen wird, zerstört Lowe das Chronometer. Die Baupläne kann er allerdings nicht vernichten. Zusammen mit seinem Gehilfen Fletch wird Thomas Lowe auf die kleine Insel Santa Compana gebracht, wo der berüchtigte Pirat Blackbeard regiert. Lowe gelingt es, den Bauplan des Chronometers zu enträtseln, bevor er ihn schließlich verbrennt. Das ist seine Lebensversicherung. Denn Blackbeard braucht Lowe, um das Chronometer herzustellen.

Sam Valentine, ein altgedienter Pirat und langjähriger Verbündeter Blackbeards, kommt mit seiner Mannschaft auf die Insel. Wenig später versuchen mehrere Männer, Blackbeard zu ermorden. Der wehrt sich erfolgreich und tötet die Angreifer. Selima, seine Freundin, ist sicher, dass Lowe hinter dem Anschlag steckt. Sie gibt keine Ruhe, bis Blackbeard ihr gestattet, Lowe ebenso wie Valentine, festzusetzen. Am nächsten Tag sollen beide gehängt werden. Aber Kate behauptet Blackbeard gegenüber, dass Lowe unschuldig sein muss, weil er den ganzen Tag mit ihr verbracht hat. Ein Argument, das Blackbeard überzeugt. Lowe wird freigelassen und Valentine gehängt. Am Ende stellt sich heraus, wer tatsächlich für das Attentat verantwortlich ist.

Kate segelt zum nächstgelegenen Handelsposten, um Schmuckwaren gegen Lebensmittel einzutauschen und tappt dabei in eine Falle. Gouverneur Jagger und seine Soldaten haben den Priester Daniel gezwungen, Kate zu verraten. Sie wird von Jagger vernommen und anschließend schwer gefoltert. Er will wissen, wo sich Blackbeard aufhält. Kate weigert sich tapfer und verrät kein Wort. Als Blackbeard erfährt, dass sie in eine Falle geraten ist, entsendet er ein Schiff, um Kate zu retten.

Blackbeard muss befürchten, dass Gouverneur Jagger den Standort seiner Insel ausfindig macht. Er will deshalb Jamaika, den Sitz des Gouverneurs, angreifen. Dafür braucht er eine schlagkräftige Armee, die ihm Begum Samsarar, eine indische Fürstin, bereitstellen kann. Da Blackbeard die Armee innerhalb von sechs Wochen braucht, ist der Preis entsprechend hoch. Blackbeard verfügt nicht über diese Summe, daher fasst er den Plan, auf Kuba den schwerreichen Gouverneur Portocarrero zu berauben. Um herauszufinden, wo dieser seinen Schatz versteckt hat, muss eine Karte kopiert werden, auf der die genaue Lage verzeichnet ist. Er betraut Rider, Nenna und Tom Lowe mit der Mission. Es gelingt ihnen, unerkannt in das Haus des Gouverneurs einzudringen und die Karte zu kopieren. Nun ist es an der Zeit, dass Blackbeard seinen Plan in die Tat umsetzt.

Blackbeards Anfälle, bei denen er das Gespenst seiner Frau Antoinette sieht, werden immer schlimmer. Lowe gibt eine Analyse ab und erklärt Blackbeard, nur eine Trepanation, das heißt die Öffnung der Schädeldecke, könnte ihn von diesem Leiden befreien. Für die Operation braucht man ein Instrument, das auf Jamaika erhältlich ist. Lowe begibt sich zu seinem Kommandanten Jagger und berichtet, was er in den Monaten seiner Abwesenheit herausgefunden hat. Als Jagger ihn auffordert, ihm die Insel zu zeigen, auf der sich Blackbeard befindet, zeigt Lowe ihm ein unbewohntes Eiland. Denn er hatte zuvor erfahren hat, dass Jagger alle Bewohner der Insel, auch Frauen und Kinder töten will. Jagger erkennt, dass Lowe lügt und es kommt zum Kampf zwischen den beiden.

Lowe ist, nachdem er vor Jagger geflohen ist, wieder auf Santa Compana und hat das Instrument mitgebracht, mit dem er Blackbeards Schädel öffnen kann, um ihn von seinem Leiden zu befreien. Selina und auch Rider misstrauen ihm weiterhin. Lowe gesteht Kate, dass er ein englischer Spion ist und die Absicht hat, Blackbeard zu töten. Inzwischen versucht Lowe Blackbeard zu entführen, wird aber von Blackbeard in einem Zweikampf niedergeschlagen. Anstatt Lowe umzubringen, sagt Blackbeard, Lowe habe geholfen, seine Insel zu retten. Lowe soll die geplante Schädelöffnung tatsächlich vornehmen.

Antoinette, die Gefangene Jaggers, war früher die Ehefrau Blackbeards. Wir erfahren, dass sie ihre beiden Kinder getötet hat, als sie erfuhr, dass Blackbeard gefangen wurde. Sie verfiel dem Wahnsinn und blieb in Jaggers Gefängnis, als Blackbeard sich befreien konnte. Sie ist die Frau, die Blackbeard in seinen Fantasien immer wieder als Geist erscheint. Nenna hat Rose getötet, durch geschickte Täuschungen schiebt sie Lowe die Schuld zu. Er soll geköpft werden, nicht zuletzt, weil ihn auch Balfour schwer belastet hat. In letzter Sekunde gibt Balfour aber zu, dass Lowe unschuldig ist. Daraufhin verurteilt Rider Balfour zu 40 Hieben mit der Peitsche. Alle wissen, er wird diese Strafe nicht überleben. In letzter Minute bietet sich Lowe als Sündenbock an. Er übernimmt die Strafe, weil er in der Vergangenheit Balfour schweres Unrecht angetan hat.

Blackbeard setzt die Segel und macht sich auf, sein großes Ziel zu erreichen. Auf Santa Compana wird Tom Lowe von Selima mit einer erschreckenden Forderung konfrontiert, die Lowe nur Minuten lässt, um ihre Leben zu retten.

Auf Santa Compana geht ein Feuerregen nieder, als Blackbeard alles riskiert, was er für den wahnsinnigen Angriff von William Jagger vorbereitet hat. Tom Lowe muss sich nun entscheiden, für welche Seite er nun kämpfen wird.