Im Jahr AD 2314 reist eine unbekannte Alienrasse in das Sonnensystem. Auf ihrem Weg stößt diese im Orbit vom Jupiter auf eine heruntergekommene Forschungsraumstation. Die Aliens assimilieren die Raumstation und senden diese als Speerspitze ihrer Streitkräfte in Richtung Erde. Seit dem Sieg über die Innovators und A-Laws etablierte die Erdallianz, die aus ihren Fehlern gelernt hat, eine pazifistische und friedliche Politik, um die Probleme der Welt zu lösen. Zwei Jahre nach den Ereignissen aus Staffel 2 reisen Marina Ismail und Shirin Bakthiar in einem Shuttle zu einer Kolonie. Auf dem Weg wird ihr Shuttle von einem Attentäter angegriffen. Ehe das Shuttle vernichtet wird, erscheint Setsuna F. Seiei und beschützt diese. Um seine Identität als Mitglied von Celestial Being zu verschleiern, nutzt er hierfür nicht seinen Gundam, sondern einen angepassten Flag. Kurz drauf entdeckt die Erdföderation die in Richtung Erde fliegende Raumstation.