Nach Abschluss einer Ausbildung zum Betonbauer begann Naumann ein Architekturstudium, das er aufgrund der Einberufung zur Wehrmacht nicht beenden konnte. Zum Ende des Zweiten Weltkrieges geriet Naumann in Kriegsgefangenschaft. 1950 begann er in Leipzig ein Schauspielstudium und erhielt nach dessen Beendigung 1953 sein erstes Engagement an den Städtischen Bühnen seiner Heimatstadt. 1957 wechselte er an das Berliner Ensemble. Kurze Zeit später gab er sein Debüt als Filmschauspieler der DEFA. So war er unter anderem in Frank Beyers Antikriegsfilm Fünf Patronenhülsen in der Rolle des Bulgaren Dimitri Pandorow zu sehen.

Im Jahr 1970 wechselte Naumann vom Theaterfach zum Fernsehen und gehörte zum Schauspielerensemble des Fernsehen der DDR. Hier stellte er ebenfalls wichtige Charaktere dar. So als Chief in der beliebten Serie Zur See (1977), als Esteban Ahimundo y Abreojos in Die arge Legende vom gerissenen Galgenstrick (1977), als Neidhardt von Gneisenau in Scharnhorst (1978) oder als Kapitän Werner Steinitz in der Serie Treffpunkt Flughafen (1985). 1981 verkörperte er den berühmten Arzt Robert Koch in einer Reihe über die Anfänge der Berliner Charité. Durch die präzise Darstellung unterschiedlichster Charaktere war Günter Naumann einer der meistbeschäftigten Darsteller des Fernsehens. Mehrmals übernahm er in den Kriminalfilmreihen Polizeiruf 110 und Der Staatsanwalt hat das Wort wichtige Rollen als Täter oder Zeuge. 1977 wurde Naumann mit dem Kunstpreis der DDR und 1982 mit dem Nationalpreis der DDR geehrt.

Ende der 1980er Jahre wechselte er selbst in die Rolle des Ermittlers. Im Polizeiruf 110 übernahm er die Rolle des Hauptmann (ab 1990 Hauptkommissar) Beck, der in bedeutenden Fällen der Krimireihe ermittelte. Die Rolle des Hauptkommissars Beck blieb auch nach dem Ende des Deutschen Fernsehfunks erhalten; Naumann spielte im ersten Polizeiruf der ARD, nachdem 1993 beschlossen wurde, die Reihe fortzuführen. Bis 1997 ermittelte Beck im Sendegebiet des Mitteldeutschen Rundfunks (Sachsen, Thüringen und Sachsen-Anhalt). Nach einer krankheitsbedingten Pause 1996 kehrte Hauptkommissar Beck für einen letzten Fall zurück (Der Tausch, Regie: Andreas Dresen) und wurde danach zugunsten des neuen Teams Schmücke und Schneider unfreiwillig in den Ruhestand versetzt.

Auch im wiedervereinigten Deutschland war Naumann ein gefragter Schauspieler; vor allem im Fernsehen. So übernahm er Rollen unter anderem in Serien wie Marienhof, Der Landarzt, Wolffs Revier, In aller Freundschaft und in Fernsehfilmen wie Nikolaikirche, Zwei in einem Boot oder Meer is nich. In den letzten Jahren beklagte sich Naumann allerdings über mangelnde Angebote. Seinen letzten Auftritt hatte er in der Serie SOKO Leipzig, in der er nochmals einen Kommissar spielte, der an seine Rolle im Polizeiruf angelehnt war.

Der Schauspieler starb am 6. November 2009 in einem Krankenhaus in Berlin-Köpenick nach einem Nierenversagen.Sein Grab befindet sich auf dem Waldkirchhof Mahlsdorf. (Wikipedia)