Axel Prahl wuchs in Neustadt in Holstein mit einem Bruder auf. Seine Mutter war Verkäuferin, der Stiefvater arbeitete beim Arbeitsamt.

Im Alter von 14 Jahren nahm Prahl an einem Musik-Wettbewerb in Neustadt in Holstein teil, den er im Stadtbereich gewann und sich dadurch für die Teilnahme auf Landesebene qualifizierte. Aus Angst davor, der Erfolg könne sein Leben verändern, verzichtete er auf die Teilnahme am Landesentscheid.

Eine Ausbildung in einem Metallberuf brach er nach einem Jahr ab, lebte als Straßenmusiker in Spanien, holte sein Fachabitur nach und studierte fünf Semester Musik und Mathematik an der Pädagogischen Hochschule Kiel.Prahl beherrscht das Gitarrenspiel und zählt Pat Metheny zu seinen musikalischen Vorbildern, spielte als Jugendlicher jedoch auch Irish Folk Schließlich absolvierte er von 1982 bis 1985 ein Schauspielstudium in Kiel. 1984 fing Prahl beim Theater an Anschließend war er am Schleswig-Holsteinischen Landestheater tätig. Seit 1992 lebt Prahl in Berlin.Es folgten Engagements am Renaissance-Theater, am Grips-Theater und an den Kammerspielen des Deutschen Theaters in Berlin.Zu Schauspielschulzeiten, Prahl hatte einen Elevenvertrag am Theater Kiel, musizierte er in der Band Ougenweide und gründete anschließend die Band Impuls.Musik und Schauspiel liefen damals noch parallel, bis sich Prahl für die Schauspielerei entschied.

Sein Fernsehdebüt gab Axel Prahl 1992 in Max Färberböcks Schlafende Hunde. 1992 synchronisierte er außerdem Michael Chiklis in einer Folge der Serie Miami Vice. In Nachtgestalten, Prahls erstem Kinofilm, spielte er 1999 in einer Nebenrolle einen Polizisten und wurde seitdem immer wieder in dieser Rolle besetzt, so in Die Polizistin, Die Hoffnung stirbt zuletzt und Der Grenzer und das Mädchen. Der Film Nachtgestalten markiert auch den Beginn einer erfolgreichen Zusammenarbeit mit dem Regisseur Andreas Dresen: Für Die Polizistin, Halbe Treppe und Willenbrock wurde Axel Prahl mit diversen Darstellerpreisen, darunter dem Adolf-Grimme-Preis ausgezeichnet. Seit 2002 bildet er als Hauptkommissar Frank Thiel zusammen mit Jan Josef Liefers das Ermittlerpaar in Münster für den Tatort des WDR. Zu dem Kinofilm Du bist nicht allein steuerte Axel Prahl 2007 mit einer Neuinterpretation des bekannten Schlagers auch das Titellied bei. Im Musikvideo zum Lied Wenn es passiert der Band Wir sind Helden ist er als Handelsvertreter zu sehen. Prahl und Andreas Dresen musizieren gemeinsam in einer Band ohne Namen, die unter anderem Coverversionen von Musiktiteln von Rio Reiser und Gerhard Gundermann in ihrem Repertoire hat.

Am 27. Februar 2009 erschien das Hörbuch Wo die wilden Maden graben von Thorsten Nagelschmidt, auf dem Axel Prahl neben Farin Urlaub als Gastsprecher zu hören ist. Das Hörbuch North Western sprach Prahl 2013 ein.

Axel Prahl hat drei Töchter und einen Sohn. Er lebt geschieden von seiner zweiten Ehefrau in Berlin